Go to the content. | Move to the navigation | Go to the site search | Go to the menu | Contacts | Accessibility

| Create Account

Nguyen, Thi Kim Hue (2018) Structure learning of graphs for count data. [Ph.D. thesis]

Full text disponibile come:

[img]
Preview
PDF Document - Submitted Version
1316Kb

Abstract (english)

Biological processes underlying the basic functions of a cell involve complex interactions between genes. From a technical point of view, these interactions can be represented through a graph where genes and their connections are, respectively, nodes and edges.

The main research objective of this thesis is to develop a statistical framework for modelling the interactions between genes when the activity of genes is measured on a discrete scale. We propose several algorithms. First, we define an algorithm for learning the structure of a undirected graph, proving its theoretical consistence in the limit of infinite observations. Next, we tackle structure learning of directed acyclic graphs (DAGs), adopting a model specification proved to guarantee identifiability of the models. Then, we develop new algorithms for both guided and unguided structure learning of DAGs. All proposed algorithms show promising results when applied to simulated data as well as to real data.

Abstract (italian)

I processi biologici che regolano le funzioni di base di una cellula sono caratterizzati da numerose interazioni tra geni. Da un punto di vista matematico, è possibile rappresentare queste interazioni attraverso grafi in cui i nodi e gli archi rappresentano, rispettivamente, i geni coinvolti e le loro interazioni.

L’obiettivo principale di questa tesi è quello di sviluppare un approccio statistico alla modellazione delle interazioni tra geni quando questi sono misurati su scala discreta. Vengono a tal fine proposti vari algoritmi. La prima proposta è relativa ad un algoritmo disegnato per stimare la struttura di un grafo non orientato, per il quale si fornisce la dimostrazione di convergenza al crescere delle osservazioni. Altre tre proposte coinvolgono la definizione di algoritmi supervisionati per la stima della struttura di grafi direzionali aciclici, basati su una specificazione del modello statistico che ne garantisce l’identificabilità. Sempre con riferimento ai grafi direzionali aciclici, infine, si propone un algoritmo non supervisionato. Tutti gli algoritmi proposti mostrano risultati promettenti in termini di ricostruzione delle vere strutture quando applicati a dati simulati e dati reali.

Statistiche Download
EPrint type:Ph.D. thesis
Tutor:Monica, Chiogna
Supervisor:Monica, Chiogna
Ph.D. course:Ciclo 30 > Corsi 30 > SCIENZE STATISTICHE
Data di deposito della tesi:15 January 2018
Anno di Pubblicazione:15 January 2018
Key Words:Graphical models, Undirected graphs, Directed acyclic graphs, Structure learning, Sparsity, Identifiability, Consistency, Conditional independence tests, Topological ordering.
Settori scientifico-disciplinari MIUR:Area 13 - Scienze economiche e statistiche > SECS-S/01 Statistica
Struttura di riferimento:Dipartimenti > Dipartimento di Scienze Statistiche
Codice ID:10881
Depositato il:16 Nov 2018 09:38
Simple Metadata
Full Metadata
EndNote Format

Bibliografia

I riferimenti della bibliografia possono essere cercati con Cerca la citazione di AIRE, copiando il titolo dell'articolo (o del libro) e la rivista (se presente) nei campi appositi di "Cerca la Citazione di AIRE".
Le url contenute in alcuni riferimenti sono raggiungibili cliccando sul link alla fine della citazione (Vai!) e tramite Google (Ricerca con Google). Il risultato dipende dalla formattazione della citazione.

@book{lauritzengraphical, Cerca con Google

title={Graphical {M}odels}, Cerca con Google

author={Lauritzen, S. L.}, Cerca con Google

volume={17}, Cerca con Google

journal={Clarendon Press, Oxford}, Cerca con Google

year={1996}, Cerca con Google

publisher={Clarendon Press, Oxford} Cerca con Google

} Cerca con Google

@book{trevor2009elements, Cerca con Google

title={The elements of statistical learning: data mining, inference, and prediction}, Cerca con Google

author={ Hastie, T. and Tibshirani, R. and Friedman, J.}, Cerca con Google

year={2009}, Cerca con Google

publisher={Springer} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{yahav2008elegant, Cerca con Google

title={An Elegant Method for Generating Multivariate {P}oisson Data}, Cerca con Google

author={Yahav, I. and Shmueli, G.}, Cerca con Google

year={2008}, Cerca con Google

publisher={Citeseer} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{drton2007multiple, Cerca con Google

title={Multiple testing and error control in {G}aussian graphical model selection}, Cerca con Google

author={Drton, Mathias and Perlman, Michael D}, Cerca con Google

journal={Statistical Science}, Cerca con Google

pages={430--449}, Cerca con Google

year={2007}, Cerca con Google

publisher={JSTOR} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{karlis2003algorithm, Cerca con Google

title={An {EM} algorithm for multivariate {P}oisson distribution and related models}, Cerca con Google

author={Karlis, D.}, Cerca con Google

journal={Journal of Applied Statistics}, Cerca con Google

volume={30}, Cerca con Google

number={1}, Cerca con Google

pages={63--77}, Cerca con Google

year={2003}, Cerca con Google

publisher={Taylor \& Francis} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{besag1974spatial, Cerca con Google

title={Spatial interaction and the statistical analysis of lattice systems}, Cerca con Google

author={Besag, J.}, Cerca con Google

journal={Journal of the Royal Statistical Society. Series B (Methodological)}, Cerca con Google

pages={192--236}, Cerca con Google

year={1974}, Cerca con Google

publisher={JSTOR} Cerca con Google

} Cerca con Google

@inproceedings{yang2013poisson, Cerca con Google

title={On {P}oisson graphical models}, Cerca con Google

author={Yang, E. and Ravikumar, P. and Allen, G. and Liu, Z.}, Cerca con Google

booktitle={Advances in Neural Information Processing Systems}, Cerca con Google

pages={1718--1726}, Cerca con Google

year={2013} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{allen2013local, Cerca con Google

title={A local {P}oisson graphical model for inferring networks from sequencing data}, Cerca con Google

author={Allen, G. and Liu, Z.}, Cerca con Google

journal={NanoBioscience, IEEE Transactions on}, Cerca con Google

volume={12}, Cerca con Google

number={3}, Cerca con Google

pages={189--198}, Cerca con Google

year={2013}, Cerca con Google

publisher={IEEE} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{hadiji2015poisson, Cerca con Google

title={Poisson Dependency Networks: {G}radient Boosted Models for Multivariate Count Data}, Cerca con Google

author={Hadiji, F. and Molina, A. and Natarajan, S. and Kersting, K.}, Cerca con Google

journal={Machine Learning}, Cerca con Google

volume={100}, Cerca con Google

number={2-3}, Cerca con Google

pages={477--507}, Cerca con Google

year={2015}, Cerca con Google

publisher={Springer} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{besag1974spatial, Cerca con Google

title={Spatial interaction and the statistical analysis of lattice systems}, Cerca con Google

author={Besag, J.}, Cerca con Google

journal={Journal of the Royal Statistical Society. Series B (Methodological)}, Cerca con Google

pages={192--236}, Cerca con Google

year={1974}, Cerca con Google

publisher={JSTOR} Cerca con Google

} Cerca con Google

@inproceedings{yang2013poisson, Cerca con Google

title={On {P}oisson graphical models}, Cerca con Google

author={Yang, E. and Ravikumar, P. K. and Allen, G. I. and Liu, Z.}, Cerca con Google

booktitle={Advances in Neural Information Processing Systems}, Cerca con Google

pages={1718--1726}, Cerca con Google

year={2013} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{kaiser1997modeling, Cerca con Google

title={Modeling {P}oisson variables with positive spatial dependence}, Cerca con Google

author={Kaiser, M. S. and Cressie, N.}, Cerca con Google

journal={Statistics \& Probability Letters}, Cerca con Google

volume={35}, Cerca con Google

number={4}, Cerca con Google

pages={423--432}, Cerca con Google

year={1997}, Cerca con Google

publisher={Elsevier} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{allen2013local, Cerca con Google

title={A local {P}oisson graphical model for inferring networks from sequencing data}, Cerca con Google

author={Allen, G. and Liu, Z. and others}, Cerca con Google

journal={NanoBioscience, IEEE Transactions on}, Cerca con Google

volume={12}, Cerca con Google

number={3}, Cerca con Google

pages={189--198}, Cerca con Google

year={2013}, Cerca con Google

publisher={IEEE} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{yang2014semiparametric, Cerca con Google

title={On semiparametric exponential family graphical models}, Cerca con Google

author={Yang, Z. and Ning, Y. and Liu, H.}, Cerca con Google

journal={arXiv preprint arXiv:1412.8697}, Cerca con Google

year={2014} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{chen2014selection, Cerca con Google

title={Selection and estimation for mixed graphical models}, Cerca con Google

author={Chen, S. and Witten, D. M and Shojaie, A.}, Cerca con Google

journal={Biometrika}, Cerca con Google

pages={asu051}, Cerca con Google

year={2014}, Cerca con Google

publisher={Biometrika Trust} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{ning2014sparc, Cerca con Google

title={{SPARC}: optimal estimation and asymptotic inference under semiparametric sparsity}, Cerca con Google

author={Ning, Y. and Liu, H.}, Cerca con Google

journal={arXiv preprint arXiv:1412.2295}, Cerca con Google

year={2014} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{hadiji2015poisson, Cerca con Google

title={Poisson Dependency Networks: Gradient Boosted Models for Multivariate Count Data}, Cerca con Google

author={Hadiji, F. and Molina, A. and Natarajan, S. and Kersting, K.}, Cerca con Google

journal={Machine Learning}, Cerca con Google

volume={100}, Cerca con Google

number={2-3}, Cerca con Google

pages={477--507}, Cerca con Google

year={2015}, Cerca con Google

publisher={Springer} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{o2010not, Cerca con Google

title={Do not log-transform count data}, Cerca con Google

author={O’hara, R. B. and Kotze, D. J.}, Cerca con Google

journal={Methods in Ecology and Evolution}, Cerca con Google

volume={1}, Cerca con Google

number={2}, Cerca con Google

pages={118--122}, Cerca con Google

year={2010}, Cerca con Google

publisher={Wiley Online Library} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{friedman2010regularization, Cerca con Google

title={Regularization paths for generalized linear models via coordinate descent}, Cerca con Google

author={Friedman, J. and Hastie, T. and Tibshirani, R.}, Cerca con Google

journal={Journal of Statistical Software}, Cerca con Google

volume={33}, Cerca con Google

number={1}, Cerca con Google

pages={1}, Cerca con Google

year={2010}, Cerca con Google

publisher={NIH Public Access} Cerca con Google

} Cerca con Google

@inproceedings{liu2010stability, Cerca con Google

title={Stability approach to regularization selection (stars) for high dimensional graphical models}, Cerca con Google

author={Liu, H. and Roeder, K. and Wasserman, L.}, Cerca con Google

booktitle={Advances in neural information processing systems}, Cerca con Google

pages={1432--1440}, Cerca con Google

year={2010} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{gallopin2013hierarchical, Cerca con Google

title={A hierarchical {P}oisson log-normal model for network inference from {RNA} sequencing data}, Cerca con Google

author={Gallopin, M. and Rau, A. and Jaffr{\'e}zic, F.}, Cerca con Google

journal={PloS One}, Cerca con Google

volume={8}, Cerca con Google

number={10}, Cerca con Google

pages={e77503}, Cerca con Google

year={2013}, Cerca con Google

publisher={Public Library of Science} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{schelldorfer2014glmmlasso, Cerca con Google

title={Glmmlasso: an algorithm for high-dimensional generalized linear mixed models using l1-penalization}, Cerca con Google

author={Schelldorfer, J. and Meier, L. and B{\"u}hlmann, P.}, Cerca con Google

journal={Journal of Computational and Graphical Statistics}, Cerca con Google

volume={23}, Cerca con Google

number={2}, Cerca con Google

pages={460--477}, Cerca con Google

year={2014}, Cerca con Google

publisher={Taylor \& Francis} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{zhang2013inferring, Cerca con Google

title={Inferring gene networks from discrete expression data}, Cerca con Google

author={Zhang, L. and Mallick, B. K.}, Cerca con Google

journal={Biostatistics}, Cerca con Google

pages={kxt021}, Cerca con Google

year={2013}, Cerca con Google

publisher={Biometrika Trust} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{abegaz2015copula, Cerca con Google

title={Copula Gaussian graphical models with penalized ascent {M}onte {C}arlo {EM} algorithm}, Cerca con Google

author={Abegaz, F. and Wit, E.}, Cerca con Google

journal={Statistica Neerlandica}, Cerca con Google

volume={69}, Cerca con Google

number={4}, Cerca con Google

pages={419--441}, Cerca con Google

year={2015}, Cerca con Google

publisher={Wiley Online Library} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{hoff2007extending, Cerca con Google

title={Extending the rank likelihood for semiparametric copula estimation}, Cerca con Google

author={Hoff, P. D.}, Cerca con Google

journal={The Annals of Applied Statistics}, Cerca con Google

pages={265--283}, Cerca con Google

year={2007}, Cerca con Google

publisher={JSTOR} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{murray2013bayesian, Cerca con Google

title={Bayesian {G}aussian copula factor models for mixed data}, Cerca con Google

author={Murray, J. S. and Dunson, D. B. and Carin, L. and Lucas, J. E.}, Cerca con Google

journal={Journal of the American Statistical Association}, Cerca con Google

volume={108}, Cerca con Google

number={502}, Cerca con Google

pages={656--665}, Cerca con Google

year={2013}, Cerca con Google

publisher={Taylor \& Francis} Cerca con Google

} Cerca con Google

@inproceedings{yang2012graphical, Cerca con Google

title={Graphical models via generalized linear models}, Cerca con Google

author={Yang, E. and Allen, G. and Liu, Z. and Ravikumar, P. K.}, Cerca con Google

booktitle={Advances in Neural Information Processing Systems}, Cerca con Google

pages={1358--1366}, Cerca con Google

year={2012} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{vzitnik2015gene, Cerca con Google

title={Gene network inference by fusing data from diverse distributions}, Cerca con Google

author={{\v{Z}}itnik, M. and Zupan, B.}, Cerca con Google

journal={Bioinformatics}, Cerca con Google

volume={31}, Cerca con Google

number={12}, Cerca con Google

pages={i230--i239}, Cerca con Google

year={2015}, Cerca con Google

publisher={Oxford Univ Press} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{friedman2008sparse, Cerca con Google

title={Sparse inverse covariance estimation with the graphical lasso}, Cerca con Google

author={Friedman, J. and Hastie, T. and Tibshirani, R.}, Cerca con Google

journal={Biostatistics}, Cerca con Google

volume={9}, Cerca con Google

number={3}, Cerca con Google

pages={432--441}, Cerca con Google

year={2008}, Cerca con Google

publisher={Biometrika Trust} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{meinshausen2006high, Cerca con Google

title={High-dimensional graphs and variable selection with the lasso}, Cerca con Google

author={Meinshausen, N. and B{\"u}hlmann, P.}, Cerca con Google

journal={The Annals of Statistics}, Cerca con Google

pages={1436--1462}, Cerca con Google

year={2006}, Cerca con Google

publisher={JSTOR} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{cooper1992bayesian, Cerca con Google

title={A Bayesian method for the induction of probabilistic networks from data}, Cerca con Google

author={Cooper, G. F. and Herskovits, E.}, Cerca con Google

journal={Machine learning}, Cerca con Google

volume={9}, Cerca con Google

number={4}, Cerca con Google

pages={309--347}, Cerca con Google

year={1992}, Cerca con Google

publisher={Springer} Cerca con Google

} Cerca con Google

@inproceedings{park2015learning, Cerca con Google

title={Learning Large-Scale {P}oisson {DAG} Models based on OverDispersion Scoring}, Cerca con Google

author={Park, G. and Raskutti, G.}, Cerca con Google

booktitle={Advances in Neural Information Processing Systems}, Cerca con Google

pages={631--639}, Cerca con Google

year={2015} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{buhlmann2014cam, Cerca con Google

title={{CAM:} Causal additive models, high-dimensional order search and penalized regression}, Cerca con Google

author={B{\"u}hlmann, P. and Peters, J. and Ernest, J.}, Cerca con Google

journal={The Annals of Statistics}, Cerca con Google

volume={42}, Cerca con Google

number={6}, Cerca con Google

pages={2526--2556}, Cerca con Google

year={2014}, Cerca con Google

publisher={Institute of Mathematical Statistics} Cerca con Google

} Cerca con Google

@inproceedings{schmidt2007learning, Cerca con Google

title={Learning graphical model structure using L1-regularization paths}, Cerca con Google

author={Schmidt, M. and Niculescu-Mizil, A. and Murphy, K.}, Cerca con Google

booktitle={AAAI}, Cerca con Google

volume={7}, Cerca con Google

pages={1278--1283}, Cerca con Google

year={2007} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{friedman2010regularization, Cerca con Google

title={Regularization paths for generalized linear models via coordinate descent}, Cerca con Google

author={Friedman, J. and Hastie, T, and Tibshirani, R.}, Cerca con Google

journal={Journal of statistical software}, Cerca con Google

volume={33}, Cerca con Google

number={1}, Cerca con Google

pages={1}, Cerca con Google

year={2010}, Cerca con Google

publisher={NIH Public Access} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{tsamardinos2006max, Cerca con Google

title={The max-min hill-climbing {B}ayesian network structure learning algorithm}, Cerca con Google

author={Tsamardinos, I. and Brown, L. E. and Aliferis, C. F.}, Cerca con Google

journal={Machine learning}, Cerca con Google

volume={65}, Cerca con Google

number={1}, Cerca con Google

pages={31--78}, Cerca con Google

year={2006}, Cerca con Google

publisher={Springer} Cerca con Google

} Cerca con Google

@inproceedings{aliferis2003hiton, Cerca con Google

title={HITON: a novel {M}arkov Blanket algorithm for optimal variable selection}, Cerca con Google

author={Aliferis, C. F. and Tsamardinos, I. and Statnikov, A.}, Cerca con Google

booktitle={AMIA Annual Symposium Proceedings}, Cerca con Google

volume={2003}, Cerca con Google

pages={21}, Cerca con Google

year={2003}, Cerca con Google

organization={American Medical Informatics Association} Cerca con Google

} Cerca con Google

@book{spirtes2000causation, Cerca con Google

title={Causation, prediction, and search}, Cerca con Google

author={Spirtes, P. and Glymour, C. N and Scheines, R.}, Cerca con Google

year={2000}, Cerca con Google

publisher={MIT press} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{heckerman1995learning, Cerca con Google

title={Learning {B}ayesian networks: The combination of knowledge and statistical data}, Cerca con Google

author={Heckerman, D. and Geiger, D. and Chickering, D. M.}, Cerca con Google

journal={Machine learning}, Cerca con Google

volume={20}, Cerca con Google

number={3}, Cerca con Google

pages={197--243}, Cerca con Google

year={1995}, Cerca con Google

publisher={Springer} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{friedman2009glmnet, Cerca con Google

title={glmnet: {L}asso and elastic-net regularized generalized linear models}, Cerca con Google

author={Friedman, J. and Hastie, T. and Tibshirani, R.}, Cerca con Google

journal={R package version}, Cerca con Google

volume={1}, Cerca con Google

year={2009} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{acid2003searching, Cerca con Google

title={Searching for {B}ayesian network structures in the space of restricted acyclic partially directed graphs}, Cerca con Google

author={Acid, S. and de Campos, L. M}, Cerca con Google

journal={Journal of Artificial Intelligence Research}, Cerca con Google

volume={18}, Cerca con Google

pages={445--490}, Cerca con Google

year={2003} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{verzelen2009tests, Cerca con Google

title={Tests for {G}aussian graphical models}, Cerca con Google

author={Verzelen, N. and Villers, F.}, Cerca con Google

journal={Computational Statistics \& Data Analysis}, Cerca con Google

volume={53}, Cerca con Google

number={5}, Cerca con Google

pages={1894--1905}, Cerca con Google

year={2009}, Cerca con Google

publisher={Elsevier} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{kalisch2007estimating, Cerca con Google

title={Estimating high-dimensional directed acyclic graphs with the {PC}-algorithm}, Cerca con Google

author={Kalisch, M. and B{\"u}hlmann, P.}, Cerca con Google

journal={Journal of Machine Learning Research}, Cerca con Google

volume={8}, Cerca con Google

number={Mar}, Cerca con Google

pages={613--636}, Cerca con Google

year={2007} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{colombo2014order, Cerca con Google

title={Order-independent constraint-based causal structure learning.}, Cerca con Google

author={Colombo, D. and Maathuis, M. H.}, Cerca con Google

journal={Journal of Machine Learning Research}, Cerca con Google

volume={15}, Cerca con Google

number={1}, Cerca con Google

pages={3741--3782}, Cerca con Google

year={2014} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{meinshausen2006high, Cerca con Google

title={High-dimensional graphs and variable selection with the lasso}, Cerca con Google

author={Meinshausen, N. and B{\"u}hlmann, P.}, Cerca con Google

journal={The annals of statistics}, Cerca con Google

pages={1436--1462}, Cerca con Google

year={2006}, Cerca con Google

publisher={JSTOR} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{friedman2008sparse, Cerca con Google

title={Sparse inverse covariance estimation with the graphical lasso}, Cerca con Google

author={Friedman, J. and Hastie, T. and Tibshirani, R.}, Cerca con Google

journal={Biostatistics}, Cerca con Google

volume={9}, Cerca con Google

number={3}, Cerca con Google

pages={432--441}, Cerca con Google

year={2008}, Cerca con Google

publisher={Biometrika Trust} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{banerjee2008model, Cerca con Google

title={Model selection through sparse maximum likelihood estimation}, Cerca con Google

author={Banerjee, O. and Ghaoui, L. E. and d’Aspremont, A.}, Cerca con Google

journal={Journal of Machine Learning Research}, Cerca con Google

volume={9}, Cerca con Google

number={Mar}, Cerca con Google

pages={485--516}, Cerca con Google

year={2008} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{liu2009nonparanormal, Cerca con Google

title={The nonparanormal: {S}emiparametric estimation of high dimensional undirected graphs}, Cerca con Google

author={Liu, H. and Lafferty, J. and Wasserman, L.}, Cerca con Google

journal={Journal of Machine Learning Research}, Cerca con Google

volume={10}, Cerca con Google

number={Oct}, Cerca con Google

pages={2295--2328}, Cerca con Google

year={2009} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{liu2012nonparanormal, Cerca con Google

title={The nonparanormal skeptic}, Cerca con Google

author={Liu, H. and Han, F. and Yuan, M. and Lafferty, J. and Wasserman, L.}, Cerca con Google

journal={arXiv preprint arXiv:1206.6488}, Cerca con Google

year={2012} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{kruskal1958ordinal, Cerca con Google

title={Ordinal measures of association}, Cerca con Google

author={Kruskal, W. H.}, Cerca con Google

journal={Journal of the American Statistical Association}, Cerca con Google

volume={53}, Cerca con Google

number={284}, Cerca con Google

pages={814--861}, Cerca con Google

year={1958}, Cerca con Google

publisher={Taylor \& Francis Group} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{cai2011constrained, Cerca con Google

title={A constrained $l_1$ minimization approach to sparse precision matrix estimation}, Cerca con Google

author={Cai, T. and Liu, W. and Luo, X.}, Cerca con Google

journal={Journal of the American Statistical Association}, Cerca con Google

volume={106}, Cerca con Google

number={494}, Cerca con Google

pages={594--607}, Cerca con Google

year={2011}, Cerca con Google

publisher={Taylor \& Francis} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{yuan2010high, Cerca con Google

title={High dimensional inverse covariance matrix estimation via linear programming}, Cerca con Google

author={Yuan, M.}, Cerca con Google

journal={Journal of Machine Learning Research}, Cerca con Google

volume={11}, Cerca con Google

number={Aug}, Cerca con Google

pages={2261--2286}, Cerca con Google

year={2010} Cerca con Google

} Cerca con Google

@book{pearl1985graphoids, Cerca con Google

title={Graphoids: A graph-based logic for reasoning about relevance relations}, Cerca con Google

author={Pearl, J. and Paz, A.}, Cerca con Google

year={1985}, Cerca con Google

publisher={University of California (Los Angeles). Computer Science Department} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{breiman1984classification, Cerca con Google

title={Classification and regression trees {B}elmont}, Cerca con Google

author={Breiman, L. and Friedman, J. H. and Olshen, R. A. and Stone, C. J.}, Cerca con Google

journal={CA: Wadsworth International Group}, Cerca con Google

year={1984} Cerca con Google

} Cerca con Google

@book{lehmann1986testing, Cerca con Google

title={Testing statistical hypotheses (2nd ed)}, Cerca con Google

author={Lehmann, E. L.}, Cerca con Google

year={1986}, Cerca con Google

publisher={New York, NY: Wiley} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{bullard2010evaluation, Cerca con Google

title={Evaluation of statistical methods for normalization and differential expression in m{RNA-S}eq experiments}, Cerca con Google

author={Bullard, J. H. and Purdom, E. and Hansen, K. D. and Dudoit, S.}, Cerca con Google

journal={BMC Bioinformatics}, Cerca con Google

volume={11}, Cerca con Google

number={1}, Cerca con Google

pages={94}, Cerca con Google

year={2010}, Cerca con Google

publisher={BioMed Central} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{li2012normalization, Cerca con Google

title={Normalization, testing, and false discovery rate estimation for {RNA}-sequencing data}, Cerca con Google

author={Li, J. and Witten, D. M. and Johnstone, I. M. and Tibshirani, R.}, Cerca con Google

journal={Biostatistics}, Cerca con Google

volume={13}, Cerca con Google

number={3}, Cerca con Google

pages={523--538}, Cerca con Google

year={2012}, Cerca con Google

publisher={Oxford University Press} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{radojicic2011microrna, Cerca con Google

title={Micro{RNA} expression analysis in triple-negative ({ER, PR} and {H}er2/neu) breast cancer}, Cerca con Google

author={Radojicic, J. and Zaravinos, A. and Vrekoussis, T. and Kafousi, M. and Spandidos, D. A. and Stathopoulos, E. N.}, Cerca con Google

journal={Cell cycle}, Cerca con Google

volume={10}, Cerca con Google

number={3}, Cerca con Google

pages={507--517}, Cerca con Google

year={2011}, Cerca con Google

publisher={Taylor \& Francis} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{ma2010therapeutic, Cerca con Google

title={Therapeutic silencing of mi{R}-10b inhibits metastasis in a mouse mammary tumor model}, Cerca con Google

author={Ma, L. and Reinhardt, F. and Pan, E. and Soutschek, J. and Bhat, B. and Marcusson, E. G. and Teruya-Feldstein, J. and Bell, G. W. and Weinberg, R. A.}, Cerca con Google

journal={Nature biotechnology}, Cerca con Google

volume={28}, Cerca con Google

number={4}, Cerca con Google

pages={341--347}, Cerca con Google

year={2010}, Cerca con Google

publisher={Nature Research} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{simonini2010epigenetically, Cerca con Google

title={Epigenetically deregulated micro{RNA}-375 is involved in a positive feedback loop with estrogen receptor $\alpha$ in breast cancer cells}, Cerca con Google

author={Simonini, P. de Souza R. and Breiling, A. and Gupta, N. and Malekpour, M. and Youns, M. and Omranipour, R. and Malekpour, F. and Volinia, S. and Croce, C. M. and Najmabadi, H. and others}, Cerca con Google

journal={Cancer research}, Cerca con Google

volume={70}, Cerca con Google

number={22}, Cerca con Google

pages={9175--9184}, Cerca con Google

year={2010}, Cerca con Google

publisher={AACR} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{pearl2003causality, Cerca con Google

title={Causality: models, reasoning and inference}, Cerca con Google

author={Pearl, J.}, Cerca con Google

journal={Econometric Theory}, Cerca con Google

volume={19}, Cerca con Google

number={675-685}, Cerca con Google

pages={46}, Cerca con Google

year={2003} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{lauritzen1990independence, Cerca con Google

title={Independence properties of directed {M}arkov fields}, Cerca con Google

author={Lauritzen, S. L. and Dawid, A. P. and Larsen, Birgitte N. and Leimer, H. G.}, Cerca con Google

journal={Networks}, Cerca con Google

volume={20}, Cerca con Google

number={5}, Cerca con Google

pages={491--505}, Cerca con Google

year={1990}, Cerca con Google

publisher={Wiley Online Library} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{heckerman1995learning, Cerca con Google

title={Learning {B}ayesian networks: The combination of knowledge and statistical data}, Cerca con Google

author={Heckerman, D. and Geiger, D. and Chickering, D. M.}, Cerca con Google

journal={Machine learning}, Cerca con Google

volume={20}, Cerca con Google

number={3}, Cerca con Google

pages={197--243}, Cerca con Google

year={1995}, Cerca con Google

publisher={Springer} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{schwarz1978estimating, Cerca con Google

title={Estimating the dimension of a model}, Cerca con Google

author={Schwarz, G.}, Cerca con Google

journal={The Annals of Statistics}, Cerca con Google

volume={6}, Cerca con Google

number={2}, Cerca con Google

pages={461--464}, Cerca con Google

year={1978}, Cerca con Google

publisher={Institute of Mathematical Statistics} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{akaike1974new, Cerca con Google

title={A new look at the statistical model identification}, Cerca con Google

author={Akaike, H.}, Cerca con Google

journal={IEEE transactions on automatic control}, Cerca con Google

volume={19}, Cerca con Google

number={6}, Cerca con Google

pages={716--723}, Cerca con Google

year={1974}, Cerca con Google

publisher={Ieee} Cerca con Google

} Cerca con Google

@inproceedings{chickering2002finding, Cerca con Google

title={Finding optimal {B}ayesian networks}, Cerca con Google

author={Chickering, D. M. and Meek, C.}, Cerca con Google

booktitle={Proceedings of the Eighteenth conference on Uncertainty in artificial intelligence}, Cerca con Google

pages={94--102}, Cerca con Google

year={2002}, Cerca con Google

organization={Morgan Kaufmann Publishers Inc.} Cerca con Google

} Cerca con Google

@thesis{Verathesis, Cerca con Google

title={Graphical modeling of biological pathways}, Cerca con Google

author={Djordjilovi\'{c}, V.}, Cerca con Google

publisher={PhD thesis, University of Padova}, Cerca con Google

year={2015} Cerca con Google

} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{wagenmakers2004aic, Cerca con Google

title={{AIC} model selection using {A}kaike weights}, Cerca con Google

author={Wagenmakers, E. J. and Farrell, S.}, Cerca con Google

journal={Psychonomic Bulletin \& Review}, Cerca con Google

volume={11}, Cerca con Google

number={1}, Cerca con Google

pages={192--196}, Cerca con Google

year={2004}, Cerca con Google

publisher={Springer} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{dor1992simple, Cerca con Google

title={A simple algorithm to construct a consistent extension of a partially oriented graph}, Cerca con Google

author={Dor, D. and Tarsi, M.}, Cerca con Google

journal={Technicial Report R-185, Cognitive Systems Laboratory, UCLA}, Cerca con Google

year={1992} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{haughton1988choice, Cerca con Google

title={On the choice of a model to fit data from an exponential family}, Cerca con Google

author={Haughton, D. M. and others}, Cerca con Google

journal={The Annals of Statistics}, Cerca con Google

volume={16}, Cerca con Google

number={1}, Cerca con Google

pages={342--355}, Cerca con Google

year={1988}, Cerca con Google

publisher={Institute of Mathematical Statistics} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{chickering2002optimal, Cerca con Google

title={Optimal structure identification with greedy search}, Cerca con Google

author={Chickering, D. M.}, Cerca con Google

journal={Journal of machine learning research}, Cerca con Google

volume={3}, Cerca con Google

number={Nov}, Cerca con Google

pages={507--554}, Cerca con Google

year={2002} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{peters2013identifiability, Cerca con Google

title={Identifiability of {G}aussian structural equation models with equal error variances}, Cerca con Google

author={Peters, J. and B{\"u}hlmann, P.}, Cerca con Google

journal={Biometrika}, Cerca con Google

volume={101}, Cerca con Google

number={1}, Cerca con Google

pages={219--228}, Cerca con Google

year={2013}, Cerca con Google

publisher={Oxford University Press} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{shimizu2006linear, Cerca con Google

title={A linear non-{G}aussian acyclic model for causal discovery}, Cerca con Google

author={Shimizu, S. and Hoyer, P. O. and Hyv{\"a}rinen, A. and Kerminen, A.}, Cerca con Google

journal={Journal of Machine Learning Research}, Cerca con Google

volume={7}, Cerca con Google

number={Oct}, Cerca con Google

pages={2003--2030}, Cerca con Google

year={2006} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{peters2012identifiability, Cerca con Google

title={Identifiability of causal graphs using functional models}, Cerca con Google

author={Peters, J. and Mooij, J. and Janzing, D. and Sch{\"o}lkopf, B.}, Cerca con Google

journal={arXiv preprint arXiv:1202.3757}, Cerca con Google

year={2012} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{zhang2014microrna, Cerca con Google

title={Micro{RNA}-30a suppresses breast tumor growth and metastasis by targeting metadherin}, Cerca con Google

author={Zhang, N. and Wang, X. and Huo, Q. and Sun, M. and Cai, C. and Liu, Z. and Hu, G. and Yang, Q.}, Cerca con Google

journal={Oncogene}, Cerca con Google

volume={33}, Cerca con Google

number={24}, Cerca con Google

pages={3119--3128}, Cerca con Google

year={2014}, Cerca con Google

publisher={Nature Publishing Group} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{yan2014mir, Cerca con Google

title={mi{R}-143 and mi{R}-145 synergistically regulate {ERBB}3 to suppress cell proliferation and invasion in breast cancer}, Cerca con Google

author={Yan, X. and Chen, X. and Liang, H. and Deng, T. and Chen, W. and Zhang, S. and Liu, M. and Gao, X. and Liu, Y. and Zhao, C. and others}, Cerca con Google

journal={Molecular Cancer}, Cerca con Google

volume={13}, Cerca con Google

number={1}, Cerca con Google

pages={220}, Cerca con Google

year={2014}, Cerca con Google

publisher={BioMed Central} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{volinia2012breast, Cerca con Google

title={Breast cancer signatures for invasiveness and prognosis defined by deep sequencing of micro{RNA}}, Cerca con Google

author={Volinia, S. and Galasso, M. and Sana, M. E. and Wise, T. F. and Palatini, J. and Huebner, K. and Croce, C. M.}, Cerca con Google

journal={Proceedings of the National Academy of Sciences}, Cerca con Google

volume={109}, Cerca con Google

number={8}, Cerca con Google

pages={3024--3029}, Cerca con Google

year={2012}, Cerca con Google

publisher={National Acad Sciences} Cerca con Google

} Cerca con Google

@book{burnham2003model, Cerca con Google

title={Model selection and multimodel inference: a practical information-theoretic approach}, Cerca con Google

author={Burnham, K. P. and Anderson, D. R.}, Cerca con Google

year={2003}, Cerca con Google

publisher={Springer Science \& Business Media} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{fraley2002model, Cerca con Google

title={Model-based clustering, discriminant analysis, and density estimation}, Cerca con Google

author={Fraley, C. and Raftery, A. E.}, Cerca con Google

journal={Journal of the American Statistical Association}, Cerca con Google

volume={97}, Cerca con Google

number={458}, Cerca con Google

pages={611--631}, Cerca con Google

year={2002}, Cerca con Google

publisher={Taylor \& Francis} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{yang2015graphical, Cerca con Google

title={Graphical models via univariate exponential family distributions.}, Cerca con Google

author={Yang, E. and Ravikumar, P. and Allen, G. I. and Liu, Z.}, Cerca con Google

journal={Journal of Machine Learning Research}, Cerca con Google

volume={16}, Cerca con Google

number={1}, Cerca con Google

pages={3813--3847}, Cerca con Google

year={2015} Cerca con Google

} Cerca con Google

@inproceedings{meek1995strong, Cerca con Google

title={Strong completeness and faithfulness in {B}ayesian networks}, Cerca con Google

author={Meek, C.}, Cerca con Google

booktitle={Proceedings of the Eleventh conference on Uncertainty in artificial intelligence}, Cerca con Google

pages={411--418}, Cerca con Google

year={1995}, Cerca con Google

organization={Morgan Kaufmann Publishers Inc.} Cerca con Google

} Cerca con Google

@inproceedings{chickering2002finding, Cerca con Google

title={Finding optimal {B}ayesian networks}, Cerca con Google

author={Chickering, David Maxwell and Meek, Christopher}, Cerca con Google

booktitle={Proceedings of the Eighteenth conference on Uncertainty in artificial intelligence}, Cerca con Google

pages={94--102}, Cerca con Google

year={2002}, Cerca con Google

organization={Morgan Kaufmann Publishers Inc.} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{sadeghi2017faithfulness, Cerca con Google

title={Faithfulness of Probability Distributions and Graphs}, Cerca con Google

author={Sadeghi, K.}, Cerca con Google

journal={arXiv preprint arXiv:1701.08366}, Cerca con Google

year={2017} Cerca con Google

} Cerca con Google

@article{pena2009algorithm, Cerca con Google

title={An algorithm for reading dependencies from the minimal undirected independence map of a graphoid that satisfies weak transitivity}, Cerca con Google

author={Pe{\~n}a, J. M. and Nilsson, R. and Bj{\"o}rkegren, J. and Tegn{\'e}r, J.}, Cerca con Google

journal={Journal of Machine Learning Research}, Cerca con Google

volume={10}, Cerca con Google

number={May}, Cerca con Google

pages={1071--1094}, Cerca con Google

year={2009} Cerca con Google

} Cerca con Google

Download statistics

Solo per lo Staff dell Archivio: Modifica questo record