The three-dimensional structure of a protein determines its function. This thesis describes a suite of methods for the problem of protein binding site recognition, based on a spin-images representation of the molecular surface. A procedure for cavity detection is coupled with a procedure for the recog- nition of similar regions in two proteins, and applied to the comparison of two protein's cavities, the all-to-all pairwise comparison of a set of cavities, and the recognition of multiple binding sites in one cavity. All the presented methods can be used to screen large collections of proteins.

La struttura tridimensionale di una proteina determina la sua funzione. Questa tesi descrive una suite di metodi per il problema del riconoscimento di siti di legame di proteine, basati su una rappresentazione a spin-images della supercie molecolare. Una procedura per l'identicazione di cavita' integrata con una procedura per il riconoscimento di regioni simili in due proteine, e applicata al confronto delle cavita' di due proteine, il confronto all-to-all pairwise di un insieme di cavita', e il riconoscimento di siti di legame multipli in una cavita'. I metodi presentato possono essere usati per analizzare vaste collezioni di proteine.

Prediction of Protein-Ligand and Protein-Protein Interactions based on Local Surface Similarity / Garutti, Claudio. - (2009).

Prediction of Protein-Ligand and Protein-Protein Interactions based on Local Surface Similarity

Garutti, Claudio
2009

Abstract

La struttura tridimensionale di una proteina determina la sua funzione. Questa tesi descrive una suite di metodi per il problema del riconoscimento di siti di legame di proteine, basati su una rappresentazione a spin-images della supercie molecolare. Una procedura per l'identicazione di cavita' integrata con una procedura per il riconoscimento di regioni simili in due proteine, e applicata al confronto delle cavita' di due proteine, il confronto all-to-all pairwise di un insieme di cavita', e il riconoscimento di siti di legame multipli in una cavita'. I metodi presentato possono essere usati per analizzare vaste collezioni di proteine.
2009
The three-dimensional structure of a protein determines its function. This thesis describes a suite of methods for the problem of protein binding site recognition, based on a spin-images representation of the molecular surface. A procedure for cavity detection is coupled with a procedure for the recog- nition of similar regions in two proteins, and applied to the comparison of two protein's cavities, the all-to-all pairwise comparison of a set of cavities, and the recognition of multiple binding sites in one cavity. All the presented methods can be used to screen large collections of proteins.
bioinformatics, protein interactions, binding sites
Prediction of Protein-Ligand and Protein-Protein Interactions based on Local Surface Similarity / Garutti, Claudio. - (2009).
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