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Bertaggia, Marco (2013) Ricerca di nuovi indici molecolari e microbiologici dello stato nutrizionale della vite. [Tesi di dottorato]

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Abstract (inglese)

The study of soil-plant relationships is a prerequisite for controlling production of the vineyard. In vineyard sites of Gambellara, we studied the relationship between productivity, the main physico-chemical properties of soils and some innovative indices for the diagnosis of the nutritional status of the grape as i) the biodegradation capacity of organic matter evaluated by means of degradation of filaments of vegetal and animal origin and ii) the expression of genes that could be involved in defence mechanisms of grape to abiotic stress. Large and significant differences (p<0.05) were observed for physical and chemical fertility parameters evaluated. The vineyards characterized by high productivity are those showing a neutral pH, good supply of organic matter and adequate C/N ratio. These soils also showed high biodegradation of organic matter determined through the soil filaments degradation. The ARISA analysis (Amplified Ribosomal Intergenic Spacer Analysis), carried out on DNA samples isolated through an automatic procedure, showed that sites Pio Paulsen and Pio Carenza, characterized by low biodegradation capacity of organic matter, have a reduced genetic similarity compared to sites Chiarafontana and Branco viceversa characterized by high biodegradation capacity. Furthermore, the number of ARISA peaks, index of the number of soil bacterial species, was was statistically lower (p <0.05) in sites Pio Paulsen and Pio Carenza with respect to sites Chiarafontana and Branco. Plants of Campilonghi’s vineyard which is characterized by acid pH, scarce organic matter content, low C/N ratio, limited degradation capacity of filaments and low leaves content of nitrogen and sulphur showed, with respect plants of Pio Paulsen involved as control, up-regulation of WRKY, SuSy, PAL and STS1 genes. In conclusion, the degradative capacity of filaments and the assays of expression of above genes seem to be valid indicators of soil fertility and grape nutritional status.

Abstract (italiano)

Lo studio della relazione suolo-pianta è un presupposto fondamentale per il controllo vegeto-produttivo del vigneto. In siti vitati della zona D.O.C. di Gambellara, ci si è proposti di studiare la relazione fra la produttività, le principali caratteristiche fisico-chimiche del suolo e alcuni indici innovativi per la diagnosi dello stato nutrizionale della vite quali la capacità biodegradativa della sostanza organica valutata mediante la degradazione di fili di natura vegetale e animale inseriti nel suolo e la valutazione dell’espressione di geni che potrebbero essere coinvolti nei meccanismi di difesa della vite dagli stress abiotici. Ampie e significative differenze (p<0,05) sono state riscontrate fra i parametri di fertilità fisico-chimica esaminati. I vigneti caratterizzati da maggiore produttività sono quelli che evidenziano valori di pH neutro, buona dotazione di sostanza organica e un adeguato rapporto C/N. Questi suoli presentano, inoltre, elevata capacità biodegradativa della sostanza organica determinata in base alla degradazione dei fili immessi nel suolo. L’analisi ARISA (Amplified Ribosomal Intergenic Spacer Analysis), eseguita su campioni di DNA estratto da suolo in maniera automatizzata tramite la messa a punto di un nuovo protocollo, ha evidenziato che i siti Pio Paulsen e Pio Carenza, caratterizzati da bassa attività biodegradativa della sostanza organica, hanno una ridotta similarità genetica rispetto ai siti Chiarafontana e Branco caratterizzati viceversa da pronunciata attività biodegradativa. Inoltre, il numero di picchi ARISA, indice della numerosità delle specie batteriche presenti nel suolo, è risultato statisticamente inferiore (p<0,05) nei siti Pio Paulsen e Pio Carenza rispetto ai siti Chiarafontana e Branco.
Nelle piante del sito Campilonghi che è caratterizzato da pH acido, scarsa dotazione di sostanza organica, basso rapporto C/N, limitata attività degradativa dei fili vegetali e da basso contenuto fogliare di azoto e zolfo è stata riscontrata la sovra-espressione, rispetto al sito di controllo Pio Paulsen, dei geni WRKY, SuSy, PAL e STS1. In conclusione, la capacità degradativa dei fili e la valutazione dell’espressione dei suddetti geni sembrano essere dei validi indicatori della fertilità del suolo e dello stato nutrizionale della vite.

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Tipo di EPrint:Tesi di dottorato
Relatore:Concheri, Giuseppe
Correlatore:Stevanato, Piergiorgio - Ragazzi, Francesca
Dottorato (corsi e scuole):Ciclo 25 > Corsi 25 > Viticoltura, enologia e marketing delle imprese vitivinicole
Data di deposito della tesi:29 Gennaio 2013
Anno di Pubblicazione:29 Gennaio 2013
Parole chiave (italiano / inglese):suolo, vite, stress nutrizionale, sostanza organica, espressione genica / soil, grape, nutritional stress, organic matter, genetic expression
Settori scientifico-disciplinari MIUR:Area 07 - Scienze agrarie e veterinarie > AGR/13 Chimica agraria
Area 07 - Scienze agrarie e veterinarie > AGR/07 Genetica agraria
Area 07 - Scienze agrarie e veterinarie > AGR/16 Microbiologia agraria
Area 07 - Scienze agrarie e veterinarie > AGR/14 Pedologia
Struttura di riferimento:Dipartimenti > Dipartimento di Agronomia Animali Alimenti Risorse Naturali e Ambiente
Codice ID:5696
Depositato il:16 Ott 2013 10:26
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Bibliografia

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Arnon D.I., Hoagland D.R. 1940. Crop production in artificial culture solution and soils with special reference to factors influencing yields and absorption of organic nutrients. Soil Sci. 50:463-483. Cerca con Google

Balconi C., Stevanato P., Motto M., Biancardi E. 2010. Breeding for biotic stress resistance/tolerance in plants. In: Ozptuk (Ed.). Springer, New York (in stampa). Cerca con Google

Benedetti A., Dell’Abate M.T.,Mocali S., Pompili L. 2006. Indicatori microbiologici e biochimici della qualità del suolo. In: ATLAS, Atlante di Indicatori della Qualità del Suolo, a cura di P. Sequi, A. Benedetti e M.T. Dell’Abate, CRA-Istituto Sperimentale per la Nutrizione delle Piante. Ministero delle Politiche Agricole Alimentari e Forestali, 65-81. Cerca con Google

Berengo M. 1963. L'agricoltura veneta dalla caduta della Repubblica italiana all'Unità, Banca Commerciale Italiana, 38. Cerca con Google

Biancardi, E., R. Marchetti, P. Stevanato, A. Orsi, L. Sghedoni, Bertaggia M. 2008. La presenza di azoto profondo nei terreni bieticoli italiani. Agroindustria 3:185-190. Cerca con Google

Bolton Jr H., Fredrickson J.K., Elliot L.F. 1993. Microbial ecology of the rhizosphere. In: F.B. Metting (ed), Soil Microbial Ecology. Marcel Dekker, Inc. New York, NY , 27-63. Cerca con Google

Bolton Jr H., Elliot L.F., Papendick R.I., Bezdicek D.F. 1985. Soil microbialbiomass and selected soil enzyme activities: effects of fertilization and cropping practices. Soil Biol. Biochem., 17: 297-302. Cerca con Google

Bockelmann U., Szewzyk U., Grohmann E. 2003. A new enzymatic method for the detachment of particle associated soil bacteria. J. Microbiol. Methods, 55: 201-211. Cerca con Google

Botrè U. 1956. La viticoltura e l'enologia in provincia di Vicenza. Atti Accademia Italiana della vite e del vino Vol. VIII: 361-367. Cerca con Google

Bozzolo A. 2010. Influenza dell’apporto di compost sulle caratteristiche del suolo e sull’attività vegetativa e produttiva della vite in vigneti dei Colli Euganei. Tesi di Dottorato di ricerca in Viticoltura, enologia e marketing delle imprese vitivinicole, XXII Ciclo, Università degli Studi di Padova. Cerca con Google

Bucelli P., Costantini E. 2006. Vite da vino e zonazioni vitivinicole. In: Costantini E. (ed.), Manuale di valutazione dei suoli e delle terre. Collana di Metodi analitici per l’agricoltura diretta da Paolo Sequi, vol. 7. Edizioni Cantagalli, Siena, 519-577. Cerca con Google

Bürgmann H., Pesaro M., Widmer F., Zeyer J. 2001. A strategy for Cerca con Google

optimizing quality and quantity of DNA extracted from soil. J. Microbiol. Methods, 45: 7-20. Cerca con Google

Buschan G. 1895. Viti fossili e viti preistoriche in Italia in "Storia della vite e del vino in Italia" Ed. Unione Italiana Vini, Milano. Cerca con Google

Calò A., Paroretto M., Rorato G. 1996. Storia regionale della vite e del vino in Italia "Veneto" Ed. Unione Italiana Vini, Milano, pp 532. Cerca con Google

Cardinale M., Brusetti L., Quatrini P., Borin S., Puglia A. M., Rizzi A., Zanardini E., Sorlini C., Corselli C., Daffonchio D. 2004. Comparison of different primer sets for use in automated ribosomal intergenic spacer analysis of complex bacterial communities. Appl. Environ. Microbiol., 70: 6147-6156. Cerca con Google

Colwell R.R. (1997). Microbial biodiversity and biotechnology. In: Reaka-Kudla ML, Wilson DE, Wilson EO (eds) Biodiversity II: Understanding and protecting our biological resources. Joseph Henry Press, University of Washington, Washington, DC, 279-288. Cerca con Google

Cosmo I. 1949. Indagine sulla viticoltura e l'enologia delle Venezie, Agricoltura delle Venezie. Ann. Staz. Sper. Vitic. Enol. Conegliano. Cerca con Google

Costacurta A., Cancelleir S. 1999. I vitigni dei Berici C.C.I.A.A., Vicenza. Cerca con Google

Costantini E. 2009. Manual of Methods for Soil and Land Evaluation. Science Publishers Inc., Enfield (NH), USA, pp 564. Cerca con Google

Courtois S., Frostegård A., Goransson P., Depret G., Jeannin P., Simonet P. 2001. Quantification of bacterial subgroups in soil: comparison of DNA extracted directly from soil or from cells previously released by density gradientcentrifugation. Environ. Microbiol., 3: 431–439. Cerca con Google

Da Schio G. 1905. Enologia e viticoltura della provincia di Vicenza. Ed. Tipografia F.lli Pastorio, Vicenza. Cerca con Google

Dalmasso G., Cosmo I., Dall'Oglio G. 1931. L'indirizzo viticolo per le Province Venete, Annuario R., Stazione sperimentale di Viticoltura ed Enologia. Cerca con Google

Dé Crescenzi P. 1805. Trattato di Agricoltura, Accademia della Crusca, I, Milano. Cerca con Google

Delmont T.O., Robe P., Clark I., Simonet P., Vogel T.M. 2011. Metagenomic comparison of direct and indirect soil DNA extraction approaches. J. Microbiol. Methods, 86: 397-400. Cerca con Google

Digvijay V., Satyanarayana T. 2011. An improved protocol for DNA extraction from alkaline soil and sediment samples for constructing metagenomic libraries. Appl. Biochem. Biotechnol., 165: 454-64. Cerca con Google

Deluc L.G, Grimplet J., Wheatley M.D., Tillett R.L., Quilici D.R., Osborne C., Schooley D.A., Schlauch K.A., Cushman J.C., Cramer G.R. 2007. Transcriptomic and metabolite analyses of Cabernet Sauvignon grape berry development. BMC Genomics, doi: 10.1186/1471-2164-8-429. Cerca con Google

Dunbar J., Wong D.C.L., Yarus M.J., Forney L.J. 1996. Autoradiographic method for isolation of diverse microbial species with unique catabolic traits. Appl. Environ. Microbiol., 62: 5643-5647. Cerca con Google

Evanno G., Regnaut S., Goudet J., 2005. Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study. Mol. Ecol., 14: 2611-2620 Cerca con Google

Filleur S., Walch-Liu P., Gan Y., Forde B.G. 2005. Nitrate and glutamate sensing by plant roots. Biochemical Society Transactions, 33:283-286. Cerca con Google

Florenzano G. 1986. Fondamenti di microbiologia del terreno. Ed. Reda, Roma, pp. 748. Cerca con Google

Fossà A. 1975. Uva Garganega di Gambellara. Vini Emangiari nella zona D.O.C. del Gambellara. Tip. Lessinia, Gambellara (VI). Cerca con Google

Fregoni M. 2010. L’Humus e il Teroir. Atlante nutrizionale della vite. Atti Convegno Viticoltura biodinamica di Cerreto Guidi, 12 giugno 2010. Cerca con Google

Fregoni M. 2009. Atlante nutrizionale della vite. Ed. Tecniche Nuove, pp. 272. Cerca con Google

Nutrizione e fertilizzazione della vite. Ed. Il Sole 24 Ore Edagricole, pp. 418. Cerca con Google

Franchi M., Ferris J.P., Gallori E. 2003. Cations as mediators of the adsorption of nucleic acids on clay surfaces in prebiotic environments. Orig. Life Evol. Biosph., 33: 1-16. Cerca con Google

Garbeva P., van Veen J.A., van Elsas J.D. 2004. Microbial diversity in soil:selection of microbial populations by plant and soil type and implications for disease suppressiveness. Annu. Rev. Phytopathol., 42: 243-70. Cerca con Google

Harris D. 1994. Analysis of DNA extracted from microbial communities. In: Ritz, K., Dighton, J., Giller, K.E. (Eds.), Beyond the Biomass, compositional and unctional analysis of soil microbial communities. John Wiley, Chichester, pp.111-118. Cerca con Google

Holmsgaard P., Norman A., Hede S.C., Poulsen P.H.B., Al-Soud W.A., Hansen L.H., Sørensen S.J. 2011. Bias in bacterial diversity as a result of Nycodenz extraction from bulk soil. Soil Biol. Biochem., 43: 2152-2159. Cerca con Google

Hren M., Ravnikar M., Brzin J., Ermacora P., Carraro L., Bianco P. A., Casati P., Borgo M., Angelini E., Rotter A., Gruden K. 2009. Induced expression of sucrose plants grown in the field. Plant Pathology, 58:170-180. Cerca con Google

Kelemen M.V., Sharpe J.E. 1979. Controlled cell disruption: a comparison of the forces required to disrupt different microorganisms. J. Cell Sci., 35: 431–441. Cerca con Google

Knietsch A., Waschkowitz T., Bowien S., Henne A., Daniel R. 2003. Metagenomes of complex microbial consortia derived from different soils as sources for novel genes conferring formation of carbonyls from short-chain polyols on Escherichia coli. J. Mol. Microbiol. Biotechnol., 5: 46–56. Cerca con Google

Jeandet P., Douillet-Breuil A.C., Bessis R., Debord S., Sbaghi M., Adrian M., 2002. Phytoalexins from the Vitaceae: biosynthesis, phytoalexin gene expression in transgenic plants, antifungal activity and metabolism. Journal of Agricultural and Food Chemistry 50:2731-2741. Cerca con Google

Lando 1553. Commentario delle cose più notabili e mostruose d'Italia. Venezia, pp 6-7. Cerca con Google

Laquitaine L., Gomès E., François J., Marchive C., Pascal S., Hamdi S., Rossitza A., Delrot S., Coutos-Thévenot P. 2006. Molecular Basis of Ergosterol-Induced Protection of Grape Against Botrytis cinerea: Induction of Type I LTP Promoter Activity, WRKY, and Stilbene Synthase Gene Expression. Molecular Plant-Microbe Interactions 19:1103-1112. Cerca con Google

Lindahl V., Bakken L.R. 1995. Evaluation of method for extraction of bacteria from soil. FEMS Microbiol. Ecol., 16: 135-142. Cerca con Google

Lovo P.L., Onorato M. 1998. Civiltà della vite e del vino nel vicentino. Ed. Morganti, Treviso, pp. 80-116. Cerca con Google

Mantese G. 1982. Scritti scelti di storia vicentina Vol. VIII, Vicenza: 593. Cerca con Google

Marchive C., Mzid R., Deluc L., Barrieu F., Pirrello J., Gauthier A., Corio-Costet M., Regad F., Cailleteau B., Hamdi S., Lauvergeat V. 2007. Isolation and characterization of a Vitis vinifera transcription factor, VvWRKY1, and its effect on responses to fungal pathogens in transgenic tobacco plants. Journal of Experimental Botany 58:1999-2010. Cerca con Google

Marini 2010. Stima dell’attività microbica mineralizzatrice di vigneti a conduzione biologica e tradizionale. Tesi di laurea in Scienze e Tecnologie per l’ambiente. Università degli Studi di Padova, A.A.2010-2011. Cerca con Google

Maroso G., Varanini G.M. 1984. Vite e vino nel Medioevo da fonti veronesi e venete. Ed. Centro documentazione per la storia della Valpolicella (VR). Cerca con Google

Marzotto N. 1925. Uva da vino Vol.I. Tip Commerciale, Vicenza, pp 318. Cerca con Google

Massolongo A. 1859. Le piante fossili dei terreni terziari del vicentino. Ed. Merlo, Verona. Cerca con Google

Mengel e Kirby, 2001. Principles of plant nutrition. Kluwer Academic Publishers, pp. 849. Cerca con Google

Milani P. 1974. I vini delle valli del Chiampo e di Gambellara. Valle del Chiampo. Antologia, Banca Popolare di Arzignano, Vicenza. Cerca con Google

Miller D.N., Bryant J.E., Madsen E.L., Ghiorse W.C. 1999. Evaluation and optimization of DNA extraction and purification procedures for soil and sediment samples. Appl. Environ. Microbiol., 65: 4715-4724. Cerca con Google

Moreira D. 1998. Efficient removal of PCR inhibitors using agarose-embedded DNA preparations. Nucleic Acids Res., 26: 3309-3310. Cerca con Google

Nannipieri P., Pietramellara G., Falchini L., Bradford M., Parekh N., Pinzari F., Schmidt N. 2000. Microbial diversity and activity in soil: meaning, limits and advantages of the present methods. In: NATO-ASI “Soil and global change:carbon cycle, trace gas exchange and hydrology”. Cerca con Google

Nordgard L., Traavik T., Nielsen K.M. 2005. Nucleic acid isolation from Cerca con Google

ecological samples--vertebrate gut flora. Meth. Enzymol., 395: 38-48. Cerca con Google

Oliver J.D. 2005. The viable but nonculturable state in bacteria. J. Microbiol., 43: 93-100. Cerca con Google

Piacentino J. 1930. Cronaca della guerra veneto-scaligera. Ed. Venezia. Cerca con Google

Pietramellara G., Franchi M., Gallori E., Nannipieri P. 2001. Effect of molecular characteristics of DNA on its adsorption and binding on homoionic montmorillonite and kaolinite. Biol. Fertil. Soils, 33: 402-409. Cerca con Google

Pisabaro A.G., de Pedro M.A., Vasquez D. 1985. Structural modification in the peptidoglycan of E. coli associated with the stages of growth of the culture. J. Bacteriol., 161: 238–242. Cerca con Google

Pritchard J.K., Stephens M., Donnelly P., 2000. Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics, 155: 945-959. Cerca con Google

Roubelakis-Angelakis K.A. 2009. Grapevine molecular physiology and biotechnology. Dordrecht ; New York : Springer, 2009. Cerca con Google

Rovira A.D. (1965). Effects of Azotobacter, Bacillus and Clostridium on thegrowth of wheat. In: Macura J, Vancura V (eds) Plant Microbes Relationships. Czechoslovak Academic Science, Prague, pp. 193–200. Cerca con Google

Sanchez-Ballesta M.T. , Jimenez J.B., Romero I., Orea J.M., Maldonado R., Gonzalez A, Escribano M.I., Merodio C. 2006. Involvement of the phenylpropanoid pathway in the response of table grapes to low temperature and high CO2 levels. Postharvest Biology and Technology, 46:29-35. Cerca con Google

Sandaa R.-A., Enger Ø., Torsvik V. 1998. Rapid method for fluorometric quantification of DNA in soil. Soil Biol. Biochem., 30(2): 265-268. Cerca con Google

Schreirer P., Drawert F., Jumker A. 1976. Identification of volatile constituents from grapes. J. Agric. Food. Chem. 24:331-336. Cerca con Google

Scienza A., Giulivo C. 1983. I portainnesti della vite utilizzati nell'Italia Nord-orientale: Stato attuale, problemi, prospettive. Riv. Vitic. Enol. Conegliano . Cerca con Google

Smith S.E., Read D.J. 1997. Mycorrhizal symbiosis. 2nd ed, Academic Press, London. Cerca con Google

Soar C.J., Speirs J., Maffei S.M., Penrose A.B., McCarthy M.G., Loveys B.R. 2006. Grape vine varieties Shiraz and Grenache differ in their stomatal response to VPD: apparent links with ABA physiology and gene expression in leaf tissue. Australian Journal of Grape and Wine Research, 12:2-12. Cerca con Google

Squartini, 2010. La biodiversità batterica: approcci metagenomici. Atti del Convegno “La Biodiversità nel terreno agrario”. Accademia dei Georgogili, 19 novembre 2010, Firenze. Cerca con Google

Stach J.E.M., Bathe S., Clapp J.P., Burns R.G. 2001. PCR-SSCP comparison of 16S rDNA sequence diversity in soil DNA obtained using different isolation and purification methods. FEMS Microbiol. Ecol., 36: 139–151. Cerca con Google

Steffan R.J., Goksoyr J., Bej A.K., Atlas R.1988. Recovery of DNA from soils and Sediments. Appl. Environ. Microbiol., 54: 2908–2915. Cerca con Google

Tomasi T., Ghiotti F., Pascarella G, Marcuzzo P., Minelli R., Borsa D., Calò A. 2008. Gambellara terre e colli da vino. Ed. Camera di Commercio, Vicenza, pp. 308. Cerca con Google

Tien C.C., Chao C.C., Chao W.L. 1999. Methods for DNA extraction from various soils : a comparison. J. Appl. Microbiol., 86(6): 937-943. Cerca con Google

Tsai Y.L., Olson B.H. 1992. Rapid method for separation of bacterial DNA from humic substances in sediments for polymerase chain reaction. Appl. Environ. Microbiol., 58: 2292–2295. Cerca con Google

Veronelli L. 1966. I vini d'Italia, Firenze, pp 534. Cerca con Google

Vezzulli S., Civardi S., Ferrari F., Bavaresco L. 2007. Methyl jasmonate treatment as a trigger of resveratrol synthesis in cultivated grapevine. American Journal Enology Viticulture, 58:530-533. Cerca con Google

Vianello A., Carpenè A. 1874. La vite ed il vino in provincia di Treviso. Ed. Ermanno Loescher, pp. 186. Cerca con Google

Xu H.S., Roberts N., Singleton F.S., Attwell R.W., Grimes D.J. , Colwell R.R. 1982. Survival and viability of nonculturable Escherichia coli and Vibrio cholera in the estuarine and marine environment. Microb. Ecol., 8: 313-323. Cerca con Google

Zhou J., Bruns M.A., Tiedje J.M. 1996. DNA recovery from soils of diverse composition. Appl. Environ. Microbiol., 62: 316–322. Cerca con Google

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