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Schiavon, Filippo (2013) Studio di geni coinvolti nella proliferazione cellulare, nell'apoptosi, e nelle risposte allo stress ossidativo durante il ciclo coloniale blastogenetico dell'ascidia coloniale Botryllus schlosseri. [Ph.D. thesis]

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Abstract (english)

In the last ten years, an increasing number of publications has highlighted the most interesting aspects of the biology of the colonial ascidian Botryllus schlosseri, indicating this non-vertebrate chordate as a reliable model organism for the study of gene expression, function and interaction pathways. The study of important cellular processes such as, for example, cell proliferation and death or stress and immune responses, is facilitated, in B. schlosseri, by its particular colonial life-cycle in which a continuos interchange from an apoptotic to a regenerative condition occurs. Each colony includes three different blastogenetic generations: adult filter-feeding zooids, primary buds on the adults and secondary buds on the primary buds. At the beginning of each cycle, new secondary buds originate from the atrial wall of primary buds and start to develop and grow until they become primary buds and, finally, zooids of the new adult generation replacing the old one. During the phase of generation change, also defined as take-over, these old zooids undergo a massive apoptosis and are gradually resorbed. The primary buds of the newly formed adults will then generate secondary buds. Although a morphological classification of the Botryllus blastogenetic cycle has been established, the complete lack of information on the type of genes involved, their role and level of expression remains a hard challenge. In order to add some new data, we used a library of Botryllus ESTs and considered specific sequences that showed a great BLAST similarity towards well-known vertebrate genes involved in apoptosis, proliferation and stress responses. Next, we were able to isolate their complete transcripts and we also analysed their site of synthesis and the differential expression between the main phases of the blastogenetic cycle, mid-cycle and take-over. We especially concentrated our work on the probable Botryllus orthologs of some key factors that are largely studied in vertebrates like the apoptotic BAX, AIF (Apoptosis Inducing Factor), PARP1 (Poly ADP-Ribose Polymerase 1), BIR Containing Proteins of the IAP family (Inhibitor of Apoptosis) and the transcription factor NF-kB1 (Nuclear Factor Kynase B 1); markers of cell proliferation such as PCNA (Proliferating Cell Nuclear Antigen), the Antigen KI67 and Nanos; antioxidant agents sensitive to stress conditions: the GCLM subunit of GCL (Glutathione Cysteine Ligase), GS (Glutathione Sintethase), GPx (Glutathione Peroxidase) and SOD (Superoxide Dismutase). Preliminary results obtained employing cDNA samples of two different colonies at the same blastogenetic stages of mid-cycle and take-over, indicate for five of the genes analyzed an unexpected general underexpression in the level of transcription in correspondence of the take-over phase. This work represents a first, detailed study of gene expression during the colonial blastogenetic cycle of B. schlosseri.

Abstract (italian)

Nell’ultimo decennio, un numero crescente di pubblicazioni ha messo in luce gli aspetti più interessanti della biologia dell’ascidia coloniale B. schlosseri che, in quanto cordato non vertebrato, rappresenta un valido organismo modello per lo studio dell’espressione e della funzionalità genica ed il tipo di pathway. Il particolare ciclo coloniale di B. schlosseri, in cui si assiste alla continua alternanza tra morte per apoptosi e rigenerazione, offre un approccio semplificato allo studio di processi cellulari fondamentali come la proliferazione e la morte cellulare o la risposta immunitaria e allo stress. Ogni colonia include tre diverse generazioni blastogenetiche: zoidi adulti filtranti, gemme primarie sugli adulti e gemme secondarie su quelle primarie. All’inizio di ogni nuovo ciclo, le gemme secondarie si originano dalla parete atriale delle gemme primarie, cominciano a crescere e svilupparsi fino a quando diventano gemme primarie e alla fine zoidi adulti che sostituiscono quelli della vecchia generazione. Durante il cambio generazionale, una fase del ciclo chiamata anche regressione, gli zoidi senescenti vanno incontro a morte cellulare per apoptosi e vengono progressivamente riassorbiti. Nel frattempo, le gemme primarie della nuova generazione adulta sviluppano le gemme secondarie. Le diverse fasi del ciclo blastogenetico sono state classificate dal punto di vista morfologico, ma non sono disponibili dati completi sui geni coinvolti, sul ruolo e le modalità di espressione degli stessi. Per ottenere ciò, abbiamo utilizzato una libreria di EST specifiche di Botrillo, considerando le sequenze che presentavano in BLAST valori elevati di similarità rispetto ai geni dei vertebrati coinvolti nell’apoptosi, nella proliferazione e nella risposta allo stress. Dopo aver isolato i trascritti completi, abbiamo analizzato la localizzazione cellulare e le variazioni di espressione durante il ciclo blastognetico, tra fasi intermedie e cambio generazionale. In questo studio, abbiamo esaminato i probabili ortologhi in Botrillo di alcune proteine chiave, ampiamente indagate nei vertebrati, come i fattori apoptotici BAX, AIF (fattore di induzione dell’apoptosi), PARP1 (poly ADP-ribosio polimerasi 1), le componenti BIRC della famiglia IAP (inibitori dell’apoptosi) ed il fattore di trascrizione NF-kB1/p105; i marcatori di proliferazione PCNA (antigene nucleare di proliferazione cellulare), l’antigene KI67 e Nanos; gli agenti antiossidanti GCLM (subunità regolatoria della glutatione cistein ligasi GCL), GS (glutatione sintetasi), GPx (glutatione perossidasi) e SOD (superossido dismutasi). I risultati preliminari ottenuti mediante l’utilizzo di campioni di cDNA provenienti da due colonie diverse in entrambe le fasi, intermedie e cambio di generazione, del ciclo coloniale, mostrano che cinque trascritti sono sottoespressi durante il cambio generazionale. Il presente lavoro rappresenta un primo approfondito studio di espressione genica durante il ciclo blastogenetico coloniale di B. schlosseri.

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EPrint type:Ph.D. thesis
Tutor:Ballarin, Loriano
Ph.D. course:Ciclo 25 > Scuole 25 > BIOSCIENZE E BIOTECNOLOGIE > BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA
Data di deposito della tesi:31 July 2013
Anno di Pubblicazione:31 July 2013
Key Words:Botryllus, Tunicati, Cordati, Gene expression, Apoptosi, Proliferazione, Stress ossidativo
Settori scientifico-disciplinari MIUR:Area 05 - Scienze biologiche > BIO/05 Zoologia
Struttura di riferimento:Dipartimenti > Dipartimento di Biologia
Codice ID:6175
Depositato il:27 Mar 2014 09:51
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