Vai ai contenuti. | Spostati sulla navigazione | Spostati sulla ricerca | Vai al menu | Contatti | Accessibilità

| Crea un account

Cozza, Giorgio (2008) Strategie computazionali per lo studio delle interazioni tra macromolecole e per la ricerca di nuovi inibitori di proteine chinasi. [Tesi di dottorato]

Full text disponibile come:

Documento PDF

Abstract (inglese)

The concept of "druggable genome" limits the molecular targets for which commercially viable compounds can be developed. In humans, whose genome accounts for about 30,000 genes, it has been calculated that a subset of no more than 3,000 genes express proteins able to bind drug-like molecules. This limit derives from the fact that the ability of a protein to bind a small molecule with the appropriate chemical properties does not necessarily make it a potential drug target, this latter feature being only applied to proteins that are also linked to disease. Among these, it has become evident that the proteins participating in intra- or intercellular communication represent the largest family with about 20-25% of the druggable genome consisting of kinases followed by G-protein coupled receptors (15%) and cation channels (5%), three of the fundamental groups of proteins implicated in signal transduction. For this reason, protein kinases have turned out to be one of the richest target mines, since drugs inhibiting specific kinases are in constant development, and some of them are currently investigated in clinical trials such as Gleevec and Iressa. Most of the structural information currently available about protein kinases is resulting from the continuously growing number of crystallographic structures solved. These studies suggest that the overall architecture of the kinases is quite similar, however, since the ATP-binding site possesses some distinct subsites, different kinases can be targeted by quite selective drugs. Two main objectives will be pursued: a) a search for new potent and selective inhibitors and b) an analysis of the interactions between kinases and related substrates.

a) Our laboratory has a long-lasting expertise in targeting the human kinome, especially the protein kinase CK1, CK2 and Aurora-A, all implicated in carcinogenesis; we performed a new virtual screening approach searching for new potent and selective scaffolds against the three kinases. Virtual screening involves the rapid assessment of large libraries of chemical structures in order to guide the selection of potential drug candidates. The results obtained was really encouraging; in fact new good inhibitors for all the three kinases where obtained from the virtual screening strategy.

b) The interaction of protein kinases with their substrates and/or effectors represents a key event in the overall picture of cellular regulation. In the case of CK2 more than 300 substrates have been identified the majority of which are phosphorylated both in vitro and in vivo. Our purpose is to highlight the molecular features underlying the interaction between CK2 and its peptides or protein substrates by using our protein-protein docking approach. Protein-protein docking is a computational tool for the prediction of three-dimensional structure of protein complexes from the coordinates of the component's structure.

Statistiche Download - Aggiungi a RefWorks
Tipo di EPrint:Tesi di dottorato
Relatore:Meggio, Flavio
Correlatore:Moro, Stefano
Dottorato (corsi e scuole):Ciclo 20 > Scuole per il 20simo ciclo > BIOCHIMICA E BIOTECNOLOGIE > BIOCHIMICA E BIOFISICA
Data di deposito della tesi:31 Gennaio 2008
Anno di Pubblicazione:31 Gennaio 2008
Settori scientifico-disciplinari MIUR:Area 05 - Scienze biologiche > BIO/10 Biochimica
Struttura di riferimento:Dipartimenti > Dipartimento di Chimica Biologica
Codice ID:632
Depositato il:22 Set 2008
Simple Metadata
Full Metadata
EndNote Format


I riferimenti della bibliografia possono essere cercati con Cerca la citazione di AIRE, copiando il titolo dell'articolo (o del libro) e la rivista (se presente) nei campi appositi di "Cerca la Citazione di AIRE".
Le url contenute in alcuni riferimenti sono raggiungibili cliccando sul link alla fine della citazione (Vai!) e tramite Google (Ricerca con Google). Il risultato dipende dalla formattazione della citazione.

1. Venter, J. C. et al. (2001) Science 291, 1304-51 Cerca con Google

2. Hanks, S. K. and Hunter, T. (1995) FASEB J. 9, 576-596 Cerca con Google

3. Manning, G., Whyte, D. B., Martinez, R., Hunter, T., and Sudarsanam, S. (2002) Science 298, 1912-1934 Cerca con Google

4. Hanks S.K. Hanks classification. . 1994. Vai! Cerca con Google

5. Kostich, M., English, J., Madison, V., Gheyas, F., Wang, L., Qiu, P., Greene, J., and Laz, T. M. (2002) Genome Biol. 3, RESEARCH0043 Cerca con Google

6. Protein Data Bank. The single worldwide repository for the processing and distribution of 3-D biological macromolecular structure data. . 2007. Vai! Cerca con Google

7. The protein kinases resource. 3D structure of Protein Kinase A- Catalytic Subunit. 2003. Vai! Cerca con Google

8. Pinna L. A., Baggio B., Moret V. e Siliprandi N. (1969) Biochem. Biophys. Acta 178, 199-201 Cerca con Google

9. Moore A., Boulton A. P., Heid H.W., Jarasch E. D. e Craig R. K. (1985) Eur. J. Biochem. 152, 729-737 Cerca con Google

10. Lasa-Benito M., Marin O., Meggio F. e Pinna L. A. (1996) FEBS Lett. 382, 149-152 Cerca con Google

11. Meggio F. e Pinna L.A. (2003) FASEB J. 17, 349-368 Cerca con Google

12. Pinna L. A. (1990) Biochem. Biophys. Acta 1314, 191-225 Cerca con Google

13. Issinger O. G. (1993) Pharmac. Ther. 59, 1-30 Cerca con Google

14. Allende J.E. e Allende C.C. (1995) FASEB J. 9, 313-323 Cerca con Google

15. Pinna L. A. e Meggio F. (1997) Proc. Cell. Cicle Research 3, 77-79 Cerca con Google

16. Pinna L. A. (2002) J. Cell. Science 115, 3873-3878 Cerca con Google

17. Litchfield D.W. (2003) Biochem. J. 369, 1-15 Cerca con Google

18. Lasa M., Marin O. e Pinna L. A. (1997) Eur. J. Biochem. 243, 719-725 Cerca con Google

19. Ahmed K., Yenice S., Davis A.T. e Goveli S.A. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 4426-4430 Cerca con Google

20. Chester N., Yu I.-J. e Marshak D. R. (1995) J. Biol. Chem. 270, 7501-7514 Cerca con Google

21. Baggio B., Pinna L. A., Moret V. e Siliprandi N. (1970) Biochem. Biophys. Acta 212, 515-517 Cerca con Google

22. Santos J.A., Logarhino E., Tapia C, Allende C.C., Allende J.E. e Sunkel C.E. (1996) J. Cell. Sci. 109, 1847-1856 Cerca con Google

23. Kloss B., Price J.L, Saez L, Blau J., Rothenfluh A., Wesley C. e Young M.W. (1998) Cell 94, 97-107 Cerca con Google

24. Toh K.L., Jones C.R., He Y., Eide F.J., Hinz W.A., Virshup D.M., Ptacek L.J. e Fu Y.H. (2001) Science 291, 1040-1043 Cerca con Google

25. Brockman J.L., Gross S.D., Sussman M.R. e Anderson R.A. (1992) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 89, 9454-9458 Cerca con Google

26. Gross S.D., Simerly C., Schatten G. e Anderson R.A. (1997) J. Celi. Sci. 110, 3083-3090 Cerca con Google

27. Hanks S.K., Quinn A.M. e Hunter T. (1988) Science 241, 42-52 Cerca con Google

28. Zhang X, Gross S.D., Schroeder M.D. e Anderson R.A. (1996) Biochemistry 35, 16319- 16325 Cerca con Google

29. Fish K.J., Cegielska A., Getman M.E., Landes G.M. e Virshup D.M. (1995) J. Biol. Chem. 270, 14875-14883 Cerca con Google

30. Tapia C, Featherstone T., Gomez C, Taillou-Miller P., Allende C.C. e Allende J.E. (1994) FEBSLett. 349, 307-312 Cerca con Google

31. Zhai L., Graves P.R., Robinson L.C., Italiano M., Culberston M.R., Rowles X, Cobb M.H., De Paoli-Roach A.A. e Roach PJ. (1995) J. BioL Chem. 270, 12717-12724 Cerca con Google

32. Meggio F., Donella-Deana A. e Pinna L.A. (1979) FEBS Lett. 106, 76-80 Cerca con Google

33. Flotow H., Graves P.R., Wang A., Fiol C.J., Roeske R.W. e Roach P.J. (1990) J. Biol. Chem. 265, 14265-14269 Cerca con Google

34. Meggio F., Perich J. M., Reynolds E. C. e Pinna L. A. (1991) FEBS Lett. 279, 307-309 Cerca con Google

35. Meggio F., Perich J.W., Marin O. e Pinna L.A. (1992) Biochim. Biophys. Res. Commun. 182, 1460-1465 Cerca con Google

36. Marin O., Meggio F., Sarno S., Andreatta M. e Pinna L.A. (1994) Eur. J. Biochem. 223, 647-653 Cerca con Google

37. Xu R. M., Carmel G., Sweet R. M., Kuret J. e Cheng X. (1995) Embo J. 14, 1015-1023 Cerca con Google

38. Longenecker K. L., Roach P. J. e Hurley T. D. (1996) J. Mol. Biol. 257, 618-631 Cerca con Google

39. Agostinis P., Marin O., James P., Hendrix P., Merlevede W., Vandenheede J.R. e PinnaL.A. (1992) FEBS Lett. 305, 121-124 Cerca con Google

40. Cegielska A., Moaref?I., Fanning E. e Virshup D.M. (1994) Virai 68, 269-275 Cerca con Google

41. Dahmus M. E. (1981) J. Biol Chem. 256, 3332-3339 Cerca con Google

42. Beyeart R., Vanhaesebroeck B., Declercq W., Van Lint J., Vandenableele P., Agostinis P., Vandenheede J.R. e Fior W. (1995) J. Biol Chem. 270, 23293-23299 Cerca con Google

43. Simkowski K.W. e Tao M. (1980) J. Biol Chem. 255, 6456-6461 Cerca con Google

44. Rapuano M. e Rosen O.M (1991) J. BioL Chem. 266, 12902-12907 Cerca con Google

45. Peters J.M., McKay R.M., McKay J.P. e Graff J.M. (1999) Nature 401, 345-350 Cerca con Google

46. Sakanaka C, Leong P., Xu L., Harrison S.D. e Williams L.T. (1999) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 96, 12548-12552 Cerca con Google

47. Knippschild U., Mime D.M., Campbell L.E., De Maggio A.J., Chistenson E., Hoekstra M.F. e Meek D.W. (1997) Oncogene 15, 1727-1736 Cerca con Google

48. Floyd C.C., Grant P., Gallant P.E. e Pant H.C. (1991) J. Bìol Chem. 260, 4987-4994 Cerca con Google

49. Link W.T., Dosemeci A., Floyd C.C. e Pant H.C. (1993) NeuroscL Lett. 151, 89-93 Cerca con Google

50. Meggio F., Donella- Deana A., Brunati A. M. e Pinna L. A. (1982) FEBS Lett. 141, 257- 262 Cerca con Google

51. DiNubile M. J., Huang S. (1997) Biochim Biophys Acta. 1358, 261-78 Cerca con Google

52. Graves PR, Roach PJ. (1995) J. Biol Chem. 270, 21689-94. Cerca con Google

53. Andrzejewska M., Pagano M.A., Meggio F., Brunati A.M. e Kazimierczuk Z. (2003) Bioorg. Med. Chem. 11, 3997-4002 Cerca con Google

54. Meijer L., Thunnissen A.M., White A.W., Garnier M., Nikolic M., Tsai L.H., Walter J., Cleverley K.E., Salinas P.C., Wu Y.Z., Biernat J., Mandelkow E.M., Kim S.H. e Pettit G.R. (2000) Chem. Biol. 7, 51-63 Cerca con Google

55. Gompel M., Leost M., De Kier Joffe E.B., Puricelli L., Franco L.H., Palermo J. e Meijer L. (2004) Bioorg. Med. Chem. Lett. 14, 1703-1707 Cerca con Google

56. Chijiwa T., Hagiwara M. e Hidaka H. (1989) J. Biol. Chem. 264, 4924-4927 Cerca con Google

57. Mashhoon N.,. DeMaggio A.J, Tereshko V., Bergmeier S.C., Egli M.,. Hoekstra M.F e Kuret J. (2000) J. Biol. Chem. 275, 20052-20060 Cerca con Google

58. Rena G., Bain J., Elliott M. e Cohen P. (2004) EMBO Rep. 5, 60-65 Cerca con Google

59. Maridor G., Park W., Krek W. e Nigg E. A. (1991) J. Biol. Chem. 266, 2362-2368 Cerca con Google

60. Guerra B. e Issinger O. G. (1999) Electrophoresis 20, 391-408 Cerca con Google

61. Blanquet P.R.(2000) Progress in Neurobiology 60, 211-246 Cerca con Google

62. Stigare J., Buddekmejier N., Pigon A. e Egyhaza E. (1993) Mol. Cell. Biochem. 129, 77- 89 Cerca con Google

63. L?her B. e Litchfield D. W. (1994) Eur. J. Biochem. 220, 521-526 Cerca con Google

64. Caizergues-Ferrer M., Belenguer R., Lapeyre B., Amalric F., Wallace M. e Olson M. (1987) Biochemistry 26, 7876-7883 Cerca con Google

65. Niefind K., Guerra B., Pinna L. A., Issinger O. G. e Schomburg D. (1998) Embo J. 17, 2451-2462 Cerca con Google

66. Sarno S., Marin O., Ghibellini P., Meggio F. e Pinna L. A. (1998) FEBS Lett. 441, 29-33 Cerca con Google

67. Sarno S., Vaglio P., Marin O., Issinger O. G., Ruffato K. e Pinna L. A. (1997) Biochemistry 36, 11717-11724 Cerca con Google

68. Morgan D. O. (1995) Nature 374, 131-134 Cerca con Google

69. Tuazon P. T. e Traugh J. A. (1991) Adv. Second Messenger Phosphoprotein Res. 23, 123-163 Cerca con Google

70. Hanks S. K. e Quinn A. M. (1991) Methods Enzimology 200, 38-62 Cerca con Google

71. Hu E. e Rubin C. S. (1990) J. Biol. Chem. 265, 20609-20615 Cerca con Google

72. Gatica M., Jedlick A., Allende C. C. e Allende J. E. (1994) FEBS Lett. 339, 93-96 Cerca con Google

73. Sarno S, Vaglio P, Meggio F, Issinger OG, Pinna LA. (1996) J. Biol Chem. (1996) 271, 10595-105601 Cerca con Google

74. Vaglio P, Sarno S, Marin O, Meggio F, Issinger OG, Pinna LA. (1996) FEBS Lett. 380, 25- 28 Cerca con Google

75. Sarno S., Vaglio P., Marin O., Meggio F., Issinger O. G. e Pinna L. A. (1997) Eur J. Biochem. 248, 290-295 Cerca con Google

76. Jeffrey P. D., Russo A. A., Polyak K., Gibbs E., Hurtwitz J., Massagu?J. e Pavletich N. P. (1995) Nature 376, 313-320 Cerca con Google

77. Johnson L. N., Noble M. E. e Owen D. J. (1996) Cell 85, 149-158 Cerca con Google

78. Owen D. J., Noble M. E., Garman E. F., Papageorgiou A. C. e Johnson L. H. (1995) J. Mol. Biol. 246, 374-381 Cerca con Google

79. Roussou I. e Draetta G. (1994) Mol. Cell. Biol. 14, 576-586 Cerca con Google

80. Tiganis T., House C. M., Teh T. e Kemp B. E. (1995) Eur. J.Biochem. 229, 703-709 81. Livak K. (1990) Genetics 124, 303-316 Cerca con Google

81. Livak K. (1990) Genetics 124, 303-316 Cerca con Google

82. Chantalat L., Leroy D., Filhol O., Nueda A., Benitez M. J., Chambaz E. M., Cochet C. e Dideberg O. (1999) EMBO Journal 18, 2930-2940 Cerca con Google

83. Boldyreff B., Meggio F., Pinna L. A. e Issinger O. G. (1993) Biochemistry. 32, 12672- 12677 Cerca con Google

84. Meggio F., Boldyreff B., Issinger O.G., Pi?na L.A. (1994) Biochemistry. 33, 4336-4342 Cerca con Google

85. Lin W. J., Shen G. T. e Traugh J. A. (1994) Biochemistry 33, 6998-7004 Cerca con Google

86. Boldyreff B., Meggio F., Pinna L. A. e Issinger O. G. (1994) J. Biol. Chem. 269, 4827- 4831 Cerca con Google

87. Leroy D., Filhol O., Delcros J. G., Pares S., Chambaz E. M. e Cochet C. (1997) Biochemistry 36, 1242-1250 Cerca con Google

88. Meggio F., Shugar D. e Pinna L. A. (1990) Eur. J. Biochem. 187, 89-94 Cerca con Google

89. Boldyreff B., Mietens U. E. e Issinger O. G. (1996) FEBS Lett. 379, 153-156 Cerca con Google

90. Meggio F. e Pinna L.A. (2003) FASEB J. 17, 349-368 Cerca con Google

91. Dobrowolska G., Meggio F., Szczeigielniak J., Muszyuska G. e Pinna L. A. (1992) Eur. J. Biochem. 204, 299-303 Cerca con Google

92. Kikkawa U., Mann S. K. O., Firtel R. A. e Hunter T. (1992) Mol. Cell. Biol. 12, 5711-5723 Cerca con Google

93. Bidwai A. P., Reed J.C. e Glover C. V. C. (1994) Arch. Biochem. Biophys. 309, 348-355 Cerca con Google

94. Glover C. V. C. (1998) Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 59, 95-133 Cerca con Google

95. Collinge M. A. e Walker J. C. (1994) Plant. Mol. Biol. 25, 649-658 Cerca con Google

96. Gietz D., Graham K. C. e Litchefield D. W. (1995) J. Biochem 270, 13017-13021 Cerca con Google

97. Kusk M., Bendixen C., Duno M., Westergaard O. e Thomsen B. (1995) J. Mol. Biol. 253, 703-711 Cerca con Google

98. BoldyreffB. e Issinger O. G. (1997) FEBS Lett. 403, 197-199 Cerca con Google

99. Niefind K., Guerra B., Ermakowa I. e Issinger O. G. (2001) Embo J. 20, 5320-5331 Cerca con Google

100. Issinger O. G. e Boldyreff B. (1992) in Recent Advances in Cellular eMolecular Biology 4, 17-22, Peters Press, Leuven, Belgium Cerca con Google

101. Meggio F, Donella Deana A, Ruzzene M, Brunati AM, Cesaro L, Guerra B, Meyer T, Mett H, Fabbro D, Furet P, et al. (1995) Eur J Biochem. 234, 317-22. Cerca con Google

102. Dobrowolska G, Muszy?ska G, Shugar D. (1991) Phys Rev Lett. 67, 3824-3827 Cerca con Google

103. Szyszka R., Grankowski N., Felczak K. e Shugar D. (1995) Biochem. Biophys. Res. Commun. 208, 418-424 Cerca con Google

104. Meggio F., Donella-Deana A. e Pinna L. A. (1978) FEBS Lett. 91, 216-221 Cerca con Google

105. Pinna L. A. Donella-Deana A. e Meggio F. (1979) Biochem. Biophys. Res. Commun. 87, 114-120 Cerca con Google

106. Pinna L. A. e Ruzzene M. (1996) Biochem. Biophys. Acta. 1314, 191-225 Cerca con Google

107. Marin O., Meggio F., Marchiori F., Borin G. e Pinna L. A. (1986) Eur. J. Biochem. 160, 239-244 Cerca con Google

108. Kunzel E. A., Mulligan J. A., Sommercorn J. e Krebs E. G. (1987) J. Biol.Chem. 262, 9136-9140 Cerca con Google

109. Marchiori F., Meggio F., Marin O., Borin G., Calderan A., Ruzza P. e Pinna L. A. (1988) Biochem. Biophis. Acta 971, 332-338 Cerca con Google

110. Hrubey T. W. e Rouch P. J. (1990) Biochem. Biophys. Res. Commun. 172, 190-196 Cerca con Google

111. Wilson L. K., Dhillon N., Thomer J. e Martin G. S. (1997) J. Biol. Chem. 272, 12961- 12967 Cerca con Google

112. Marin O., Meggio F., Draetta G. e Pinna L. A. (1992) FEBS Lett. 301, 111-114 Cerca con Google

113. Hathaway, G.M. e Traugh, J.A. (1982) Curr. Top. Cell. Regul. 21, 101-127 Cerca con Google

114. Glover, C.V.C. (1986) J. Biol. Chem. 261, 14349-14354 Cerca con Google

115. Mamrack, M.D. (1989) Mol. Cell. Biochem. 85, 147-157 Cerca con Google

116. Valero E., De Bonis S., Filhol O., Wade R. H., Langowski J., Chambaz E. M. e Cochet C. (1995) J. Biol. Cell. 270, 8345-8352 Cerca con Google

117. Pinna L. A. (1990) Biochem. Biophys. Acta 1314, 191-225 Cerca con Google

118. Ahmed K., Gerber D. A. e Cochet C. (2002) Trends Cell. Biol. 12, 226-230 Cerca con Google

119. Ghavidel A. e Schultz M. C. (2001) Cell. 106, 575-584 Cerca con Google

120. Padmnabha R. et al. (1990) Mol. Cell. Biol. 10, 4089-4099 Cerca con Google

121. Xu X., Rich E. S. Jr e Seldin D. C. (1998) Genomics 48, 79-86 Cerca con Google

122. Evan G. I. e Vousden K. H. (2001) Nature 411, 342-348 Cerca con Google

123. Faust R. A., Niehans G. A., Gapany M., Hoistad D., Knap D., Cherwitz D., Davis A., Adams G. L. e Ahmed K. (1999) Int. J. Biochem. Cell. Biol. 31, 941-949 Cerca con Google

124. Guerra B. et al. (2001) Int. J. Oncol. 19, 1117-1126 Cerca con Google

125. Song D. H. et al. (2000) J. Biol. Chem. 275, 23790-23797 Cerca con Google

126. Chen S. et al. (2001) J. Cell. Biol. 152, 87-96 Cerca con Google

127. Pe? J. M., Itarte E., Domingo A. e Cusso R. (1983) Cancer Res. 43, 1172-1175 Cerca con Google

128. Brunati A. M., Saggioro D., Chieco-Bianchi L. e Pinna L. A. (1986) FEBS Lett. 206, 59-63 Cerca con Google

129. Ole-MoiYoi O. K., Brown W. C., Iams K. P., Nayar A., Tsukamoto T. e Mackin M. D. (1993) Embo J. 12, 1621-1631 Cerca con Google

130. Toczyski D. P. et al. (1997) Cell 90, 1097-1106 Cerca con Google

131. Yaffe M. B. e Elia E. H. (2002) Current Opinion in Biology 13, 131-138 Cerca con Google

132. Bucciatini M., Giannoni E., Chiti F., Baroni F., Formigli L., Zurdo J., Taddei N., Ramponi G., Dobson C. M. e Stefani M. (2002) Nature 416, 507-511 Cerca con Google

133. Meggio F., Pagano M.A., Moro S., Zagotto G., Ruzzene M., Sarno S., Cozza G., Bain J., Elliott M., Deana A.D., Brunati A.M., Pinna L.A. (2004) Biochemistry. 43, 12931-12936 Cerca con Google

134. Pagano M.A., Poletto G., Di Maira G., Cozza G., Ruzzene M., Sarno S., Bain J., Elliott M., Moro S., Zagotto G., Meggio F., Pinna L.A. (2007) Chembiochem. 8, 129-139. Cerca con Google

135. Pagano M.A., Andrzejewska M., Ruzzene M., Sarno S., Cesaro L., Bain J., Elliott M., Meggio F., Kazimierczuk Z., Pinna L.A. (2004) J. Med Chem. 47, 6239-6247 Cerca con Google

136. Battistutta R., Mazzorana M., Sarno S., Kazimierczuk Z., Zanotti G. e Pinna L. A (2005) Chem. Biol. 12, 1211-1219 Cerca con Google

137. Fu J., Bian M., Jiang Q., Zhang C. (2007) Mol. Cancer Research 5 Cerca con Google

138. Andrews P.D. (2005) Oncogene 24, 5005-5015 Cerca con Google

139. Keen N., Taylor S. (2004) Nat Rev Cancer 4, 927-936. Cerca con Google

140. Harrington E.A., Bebbington D., Moore J., et al. (2004)Nat Med 10, 262-267 Cerca con Google

141. Ditchfield C., Johnson V.L., Tighe A., et al. (2003) J. Cell Biol 161, 267-280 Cerca con Google

142. Hauf S., Cole R.W., LaTerra S., et al. (2003) J. Cell Biol 161, 281-294 Cerca con Google

143. Altschul S.F., Gish W., Miller W., Myers E.W., and Lipman D J. (1990) J.Mol.Biol. 215, 403- 410 Cerca con Google

144. Needleman S.B., Wunsch C.D. (1970) Journal of Molecular Biology 48, 444-453 Cerca con Google

145. Dayhoff M.O. (1972) National biomedical research foundation 5, 1-418 Cerca con Google

146. Henikoff S., Henikoff J. G. (1992) Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 89, 10915-10919 Cerca con Google

147. Jones T. A., Thirup S. (1986) EMBO J. 5, 819-822 Cerca con Google

148. Sali A., Overington J.P., Johnson M.S., Blundell T.L. (1990) Trends Biochem.Sci. 15, 235-240 Cerca con Google

149. Bruccoleri R.E., Karplus, M. (1987) Biopolymers 26, 137-168 Cerca con Google

150. Blundell T., Barlow D., Borkakoti N., Thornton J. (1983) Nature 306, 281-283 Cerca con Google

151. Ponder J.W., Richards F.M. (1987) J.Mol.Biol. 193, 775-791 Cerca con Google

152. Levitt D.G., Banaszak L.J. (1992) J.Mol.Graph. 10, 229-234 Cerca con Google

153. Fechter L.D. (1995) Occup.Med. 10, 609-621 Cerca con Google

154. Protein Crystallography. . 2003 Vai! Cerca con Google

155. Metropolis N., Rosenbluth A.W., Rosenbluth M.N., Teller H., and Teller E. (2003) J.Chem.Phys 21, 1087-1092 Cerca con Google

156. Morris G.M., Goodsell D.S., Halliday R.S., Huey R., Hart W.E., Belew R.K., Olson A.J. (1998) Journal of Computational Chemistry 19 , 1639-1662 Cerca con Google

157. Eldrige M., Murray C., Auton T., Paolini G., Mee R. (1997) J.Comput-Aided Mol Des, 1, 731-751 Cerca con Google

158. Wang R., Lai L., Wang, S. (2002) J.Comput-Aided Mol Des 16, 11-26 Cerca con Google

159. MOE (Molecular Operating Environment). (2006.0804, 2007.09) Cerca con Google

160. Halgren T.A., Murphy R.B., Friesner R.A., Beard H.S., Frye L.L., Pollard W.T., Banks J.L. (2004) J. Med Chem, 47, 1750-1759 Cerca con Google

161. Verdonk M.L., Cole J.C., Hartshorn M.J., Murray C.W.,Taylor R.D. (2003) 52, 609-623 Cerca con Google

162. Sousa S.F., Fernandes P.A., Ramos M.J. (2006) Proteins, 65, 15-26 Cerca con Google

163. Charifson P.S., Corkery J.J., Murcko M.A., Walters W.P., (1999) J. Med Chem, 42, 5100-5109. Cerca con Google

164. Weiner S.J., Kollman P.A., Case D.A., Singh U.C., Ghio C., Alagona G., Profeta S. Jr, Weiner P. (1984) Journal of the American Chemical Society 106, 765 Cerca con Google

165. Cornell W.D., Cieplak P., Bayly C.I., Gould I.R., Merz K.M. Jr, Ferguson D.M., Spellmeyer D.C., Fox T., Caldwell J.W., Kollman P.A. (1995) Journal of the American Chemical Society 117, 5179-5197 Cerca con Google

166. Halgren T.A. (1996) Journal of Computational Chemistry 17, 490-519 Cerca con Google

167. Halgren T.A. (1999) Journal of Computational Chemistry 20, 730-748 Cerca con Google

168. Burkert U., Allinger N.L. (1982) Molecular Mechanics Cerca con Google

169. Schlick T., Olson W.K. (1992) J.Mol.Biol. 223, 1089-1119 Cerca con Google

170. Cheng R., Li L., Weng Z. (2006) Proteins 52, 80-87 Cerca con Google

171. Vakser I.A. (1995) Proteins Eng 8, 770-774 Cerca con Google

172. Palma P.N., Krhippal L., Wamper J.E., Moura J.J (2000) Proteins 39, 372-384 Cerca con Google

173. Ausiello G., Cesareni G., Helmer-Citterich M. (1997) Proteins 28, 556-567 Cerca con Google

174. Cozza ., Moro S,, Gotte G. (2008) Biopolymers 9, 26-39 Cerca con Google

175. Spartan Pro. 2002. Cerca con Google

176. Pymol 1.0 Vai! Cerca con Google

177. Cozza G., Bonvini P., Zorzi E., Poletto G., Pagano M.A., Sarno S., Donella-Deana A., Zagotto G., Rosolen A., Pinna L.A., Meggio F., Moro S. (2006) J. Med Chem. 49, 2363- 2366 Cerca con Google

178. Moon M.J., Lee S.K., Lee J.W., Song W.K., Kim S.W., Kim J.I., Cho C., Choi S.J., Kim Y.C. (2005) Bioorg Med Chem. 14, 237-246 Cerca con Google

179. Kakiuchi S., Yamazaki R. (1970) Biochem Biophys Res Commun. 41, 1104-1110 Cerca con Google

180. Ikura M. (1996) Trends Biochem Sci. 21, 14-17. Review Cerca con Google

181. Ehrhardt M.R., Urbauer J.L., Wand A.J. (1995) Biochemistry. 34, 2731-2738 Cerca con Google

182. Meggio F., Brunati A.M., Pinna L.A. (1987) FEBS Lett. 215, 241-246 Cerca con Google

183. Haring H.U., White M.F., Kahn C.R., Ahmad Z., DePaoli-Roach A.A., Roach P.J. (1985) J. Cell Biochem. 28, 171-182 Cerca con Google

184. Mukhin Y.V., Vlasova T., Jaffa A.A., Collinsworth G., Bell J.L., Tholanikunnel B.G., Pettus T., Fitzgibbon W., Ploth D.W., Raymond J.R., Garnovskaya M.N. (2001) J. Biol Chem. 276, 17339-17346 Cerca con Google

Download statistics

Solo per lo Staff dell Archivio: Modifica questo record