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Meneghello, Anna (2016) Surface plasmon resonance based platforms for clinical and environmental biosensing applications. [Tesi di dottorato]

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Abstract (inglese)

My PhD Thesis work, developed in Veneto Nanotech Laboratories (Nanofab in Marghera, LaNN in Padova and ECSIN in Rovigo), was aimed at the exploitation of the Surface Plasmon Resonance (SPR) phenomenon for the set-up of biosensing platforms for clinical and environmental applications.
In particular, two types of SPR-based platforms were set-up and optimised: the first one was an oligonucleotide-based platform for the detection of Cystic Fibrosis (CF) causing mutations while the second one was an antibody-based platform for the detection of Legionella pneumophila whole cells.
Both sensors are based on the same detection strategy, exploiting the advantages of using a highly sensitive Grating Coupled - Surface Plasmon Resonance (GC-SPR) enhanced spectroscopy method, designed using a conical illumination configuration for label-free molecular detection.
Concerning DNA platform for Cystic Fibrosis, a strategy for the detection of some of the most frequent mutations responsible for CF among the Italian population is investigated. For the detection of the CF mutations, gold sinusoidal gratings are used as sensing surfaces, and the specific biodetection is achieved through the usage of allele specific oligonucleotide (ASO) DNA hairpin probes, designed for single nucleotide discrimination. Substrates were used to test unlabeled PCR amplified homozygous wild type (wt) and heterozygous samples (wt/mut) - deriving from clinical samples - for the screened mutations.
Hybridisation conditions were optimised to obtain the maximum discrimination ratio (DR) between the homozygous wild type and the heterozygous samples. SPR signals obtained from hybridising wild type and heterozygous samples showed DRs able to identify univocally the correct genotypes, as confirmed by fluorescence microarray experiments run in parallel. Furthermore, SPR genotyping was not impaired in samples containing unrelated DNA, allowing the platform to be used for the parallel discrimination of several alleles also scalable for a high throughput screening setting.
Concerning antibody platform for Legionella pneumophila bacteria detection, a strategy for the exploitation of the SPR phenomenon to develop a fully automated platform for fast optical detection of Legionella pneumophila pathogens was investigated. The legal limit of L. pneumophila in a high-risk hospital environment in Italy is 102 CFU/L, and the gold standard for its identification is a time consuming microbiological culture method, that requires up to 7 days.
Starting from these considerations a sensitive GC-SPR system was applied to the detection of L. pneumophila to test the detection limit of the developed sensing device in term of detectable bacterium CFU. The detection was accurately set up and precisely optimised firstly through the usage of flat gold functionalised slides to be then translated to sinusoidal gold gratings for label-free GC-SPR detection using ellipsometer, in order to ensure a reproducible and precise identification of bacteria. Through azimuthally-controlled GC-SPR, 10 CFU were detected, while in the case of fluorescence analysis results, a negative readout is obtained if incubating less than 104 CFU. Successful results were obtained when incubating environmental derived samples. This detection platform could be implemented as a prototype in which water and air samples will be sequentially concentrated, injected into a microfluidic system, and delivered to the SPR sensor for analysis.
The peculiar Grating Coupled - Surface Plasmon Resonance method applied for this work has therefore revealed to be an accurate and highly sensitive strategy – with multiplexing possibility - for the sensing and detecting of different kind of biomolecules, from DNA fragments to whole bacteria cell.

Abstract (italiano)

Il mio lavoro di Tesi di Dottorato, sviluppato presso i laboratori Veneto Nanotech (Nanofab a Marghera, LaNN a Padova ed ECSIN a Rovigo), ha avuto come obiettivo l’utilizzo della tecnologia di risonanza plasmonica di superficie (SPR – Surface Plasmon Resonance) per lo sviluppo di piattaforme biosensoristiche per applicazioni clinica ed ambientali.
In particolare, durante il lavoro di Dottorato sono state messe a punto due piattaforme SPR: la prima piattaforma utilizza sonde oligonucleotidiche a DNA per l'individuazione di mutazioni causanti fibrosi cistica (CF) mentre la seconda utilizza anticorpi per il rilevamento di cellule di Legionella pneumophila.
Entrambi i sensori sono basati sulla stessa strategia di rilevamento, ovvero l’utilizzo di una metodologia Grating Coupled – Surface Plasmon Resonance (GC-SPR) progettata utilizzando una configurazione conica di illuminazione ad azimut rotato per la rilevazione diretta – senza passaggi di marcatura, label-free – dell’analita in esame.
Per quanto riguarda la piattaforma a DNA per la fibrosi cistica, si è sviluppata una strategia per l'individuazione di alcune delle mutazioni più frequenti responsabili CF tra la popolazione italiana. Per la rilevazione di tali mutazioni le superfici di analisi utilizzate sono grigliati sinusoidali, e la rilevazione specifica delle sequenze di interesse si ottiene attraverso l'utilizzo di oligonucleotidi allele-specifici (ASO – allele specific oligonucleotide) con struttura ad hairpin, disegnati per la discriminazione di un singolo nucleotide. I substrati plasmonici sono stati utilizzati per testare campioni wild-type ed eterozigoti (wt/mut) per le mutazioni in esame, amplificati tramite PCR a partire da campioni clinici.
Le condizioni di ibridazione sono state ottimizzate per ottenere il rapporto di discriminazione (DR – discrimination ratio) massimo tra campioni wild-type ed eterozigoti. I segnali SPR ottenuti ibridando campioni wild-type e campioni eterozigoti hanno mostrato DR in grado di identificare univocamente i genotipi corretti, come confermato da esperimenti di fluorescenza in microarray eseguiti in parallelo. Inoltre la genotipizzazione ottenuta tramite SPR non è stata inficiata in campioni contenenti DNA interferente, consentendo quindi di utilizzare la piattaforma per la discriminazione in parallelo dei diversi alleli, e la possibilità futura di scalare il sistema con un approccio di high throughput screening.
Per quanto riguarda la piattaforma ad anticorpi per la rilevazione di Legionella pneumophila, la medesima strategia basata su GC-SPR è stata messa a punto per ottenere una rilevazione rapida e sensibile di tale patogeno. Il limite legale di L. pneumophila in ambienti ospedalieri ad alto rischio in Italia è di 102 UFC/L (unità formanti colonia) e la metodologia di riferimento per la sua identificazione è una tecnica di coltura microbiologica che richiede tempi di attesa fino a 7 giorni.
Partendo da tali considerazioni un sistema GC-SPR altamente sensibile è stato sviluppato ed applicato per la rivelazione di L. pneumophila: la rivelazione è stata accuratamente impostata ed ottimizzata con un ceppo standard del battere, prima attraverso l'utilizzo di superfici d’oro non nanostrutturate (flat) opportunamente funzionalizzate ed analizzate tramite fluorescenza, e successivamente attraverso reticoli sinusoidali (grating) d’oro analizzati tramite elissometria GC-SPR. Attraverso la metodologia GC-SPR ad azimut rotato è stato possibile rilevare fino a 10 UFC, mentre con l’analisi in fluorescenza non è stato possibile identificare quantitativi di battere inferiori a 104 UFC. Risultati positivi sono stati ottenuti anche incubando campioni di L. pneumophila isolati direttamente dall’ambiente ospedaliero.
Questa piattaforma di rilevazione potrà essere implementata come prototipo in cui campioni di acqua e aria potranno venir sequenzialmente concentrati, iniettati in un sistema di microfluidica, ed incubati sulla superficie del sensore SPR per l'analisi, obiettivi questi del progetto POSEIDON (Horizon2020) attualmente in corso.
La particolare metodologia GC-SPR ad azimut rotato applicata in questo lavoro di Tesi si è dimostrata essere una strategia accurata e altamente sensibile - con possibilità di multiplexing - per la rilevazione di diversi tipi di biomolecole, a partire da frammenti di DNA fino ad intere cellule batteriche.

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Tipo di EPrint:Tesi di dottorato
Relatore:Lanfranchi, Gerolamo
Dottorato (corsi e scuole):Ciclo 28 > Scuole 28 > BIOSCIENZE E BIOTECNOLOGIE > GENETICA E BIOLOGIA MOLECOLARE DELLO SVILUPPO
Data di deposito della tesi:27 Gennaio 2016
Anno di Pubblicazione:29 Gennaio 2016
Parole chiave (italiano / inglese):Biosensors - Surface Plasmon Resonance - Cystic Fibrosis - Legionella pneumophila
Settori scientifico-disciplinari MIUR:Area 06 - Scienze mediche > MED/03 Genetica medica
Area 06 - Scienze mediche > MED/07 Microbiologia e microbiologia clinica
Area 02 - Scienze fisiche > FIS/07 Fisica applicata (a beni culturali, ambientali, biologia e medicina)
Area 05 - Scienze biologiche > BIO/11 Biologia molecolare
Area 05 - Scienze biologiche > BIO/19 Microbiologia generale
Area 05 - Scienze biologiche > BIO/18 Genetica
Struttura di riferimento:Centri > Centro Interdipartimentale di servizi A. Vallisneri
Dipartimenti > Dipartimento di Biologia
Codice ID:9208
Depositato il:20 Ott 2016 09:27
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