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Carraro, Michela (2016) New insights into S. cerevisiae F-ATP synthase and its role in the mitochondrial permeability transition. [Tesi di dottorato]

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Abstract (inglese)

The mitochondrial Permeability Transition Pore (PTP) has been characterized in mammals as a Ca2+-activated channel whose opening allows solutes of molecular mass ≤ 1.5 kDa to equilibrate across the inner membrane, potentially causing matrix swelling, rupture of the outer membrane and release of pro-apoptotic factors. Together with Ca2+, the onset of PTP opening is favored by oxidative stress, membrane depolarization and Pi; conversely, acidic pH, adenine nucleotides and Mg2+ are the major physiological desensitizers. So far, cyclosporin A and derived compounds that prevent the binding of the positive effector cyclophilin D, as well as new compounds identified by our laboratory, have been discovered to be potent antagonists of the channel. Whether or not the PTP is a conserved feature in yeast has long been debated. Several studies suggested that yeast mitochondria might present different independent permeability pathways with peculiar features and modulations, including an ATP-activated pathway that might play a role as an energy-dissipating mechanism. A high-conductance channel considered to be the yeast equivalent of the PTP (yPTP) is inhibited rather than activated by Pi and is insensitive to CsA, and due to the lack of a mitochondrial Ca²⁺ uniporter in yeast, its Ca²⁺ dependence has been difficult to assess. In our recent paper (see Publication 1), we confirmed the existence of Ca²⁺-activated PTP in S. cerevisiae, as previously suggested by Shinohara and Coworkers, taking advantage of the Ca2+ ionophore ETH129, which allows the electrophoretic accumulation of added Ca2+. We found that yPTP opening is strongly sensitized by the thiol reagents phenylarsine oxide, copper-o-phenantroline and diamide, which are effective PTP inducers in mammals, and that this effect could be reverted by reducing reagents. Our laboratory recently proposed that F-ATP synthase dimers are the crucial component of mammalian PTP (mPTP). We carried out a Blue-Native PAGE separation of yeast mitochondrial proteins with digitonin, identified F-ATP synthase dimers through an in-gel activity assay for ATP hydrolysis, and reconstituted them in planar lipid bilayer for electrophysiology experiments. Our data show that dimers of yeast F-ATP synthase form a Ca²⁺- and oxidant-activated channel with “flickering” features resembling those of the mammalian PTP, although with a lower conductance of about 250-300 -pS. Like in mammals, activity of the channel was inhibited by ADP and Mg²⁺. These findings provide evidence that the PTP-forming properties of F-ATP synthase have been conserved in evolution. To verify the role of F-ATP synthase dimer in yPTP formation, we analyzed knock-out mutants for subunits reported to be involved in dimerization of the enzyme. These subunits, localized in the lateral stalk, are subunit e (TIM11) and- subunit g (ATP20). ΔTIM11, ΔATP20, as well as double null mutants, did not display the presence of dimers when analyzed with a BN-PAGE. Furthermore, the Ca2+ retention capacity (CRC, a measure of the propensity to pore opening) of mitochondria devoid of subunits e and/or g displayed an increased resistance to yPTP opening. BN-PAGE analysis after treatment with CuCl2, which promotes the formation of disulfide bridges between adjacent Cys residues, demonstrated that some dimers formed upon thiol oxidation even in absence of “dimerization” subunits, which may explain why the yPTP could open at high Ca2+ concentration even in their absence. Very interestingly, these dimers show a channel conductance of about 30 -pS, which is remarkably decreased compared to that measured in wild-type strain. Further analysis in single KO mutant for e- and g subunits is under way in order to define the contribution of single subunits to channel conductance.
To identify the Cys residues affected by CuCl2 treatment (which should be involved in dimer formation following oxidation), we carried out site-directed mutagenesis of each of the Cys residues of F-ATP synthase in the e- and g- null genetic background. There are eight Cys residues in the yeast enzyme (six in subunits encoded by nuclear DNA and two in subunits encoded by mitochondrial DNA). We found that Cys23 of subunit a (ATP6) is the target of oxidation, and mediates formation of a disulfide bridge between the two monomers thereby stabilizing the dimeric form. Another important finding was that the unique Cys of OSCP, the subunit located on top of the lateral stalk of F-ATP synthase, appears to mediate the effect of diamide on PTP activity, at least at low concentrations. Indeed, CRC analysis revealed that OSCP C100S mutant are less sensitive specifically to diamide, whereas the sensitivity to other oxidants is unaffected.
My results provide the first demonstration that yeast F-ATP synthase dimers form high conductance channels analogous to those formed by the mPTP and thus that channel formation is an evolutionarily conserved feature of F-ATP synthases. It is now possible to unravel the many open questions about structure and regulation of the PTP with the powerful methods of yeast genetics.

Abstract (italiano)

Il poro di transizione della permeabilità (PTP) è stato caratterizzato nei mammiferi come un canale mitocondriale attivato dal Ca2+ la cui apertura permette ai soluti con un peso molecolare inferiore a 1.5 kDa di equilibrarsi attraverso la membrana, causando eventualmente il rigonfiamento della matrice, la rottura della membrana esterna e il rilascio di fattori pro-apoptotici. Oltre al Ca2+, l’apertura del PTP è favorita, soprattutto, dallo stress ossidativo, dalla depolarizzazione della membrana interna e dal Pi; al contario, tra i principali “desensitizzatori” fisiologici troviamo i nucleotidi adeninici, il Mg2+ e un pH acido di matrice. Finora sono stati scoperti alcuni composti con un effetto antagonista al canale, come, per esempio, la ciclosporina A (CsA) e alcuni derivati, scoperti nel nostro laboratorio, che prevengono il legame della ciclofilina D, un potente induttore del poro. Se il PTP sia o meno una caratteristica mitocondriale conservata nel lievito è stato un quesito lungamente dibattuto. Diversi studi suggeriscono che i mitocondri di lievito presentano vari pathways indipendenti di permeabilità con caratteristiche e modulazione peculiari, includendo un pathway attivato dall’ATP, probabilmente atto a dissipare l’eccesso di energia. Inoltre, il PTP di lievito risulta essere inibito piuttosto che attivato dal Pi, insensibile alla CsA, mentre la dipendenza dal Ca2+ è stata difficile da verificare, data l’assenza di un uniporto mitocondriale del Ca2+. Nell’articolo pubblicato recentemente (vedi Pubblicazione 1), abbiamo confermato l’esistenza di un PTP attivato da Ca2+ in S.cerevisiae, com’era stato suggerito in precedenza da Shinohara e collaboratori, utilizzando lo ionoforo del Ca2+, ETH129, che permette l’accumulo elettroforetico del Ca2+ esogeno aggiunto durante esperimenti di capacità di retenzione del Ca2+ (CRC). I nostri dati mostrano che il PTP di lievito è fortemente sensibile a composti che agiscono sui tioli liberi come la phenylarsine oxide, copper-o-phenantroline e la diamide, riconosciuti attivatori del PTP mammifero, e che questo effetto può essere contrastato e ripristinato da agenti riducenti. Inoltre, abbiamo geneticamente dimostrato che CPR3, l’omologo di lievito della ciclofilina D di mammifero, non esercita alcun ruolo nella regolazione del PTP, spiegando quindi la mancata sensibilità del poro alla CsA. Nel 2013, il nostro laboratorio ha proposto un nuovo modello per il PTP di mammifero, attribuendo all’enzima F-ATP sintasi, nello specifico alla struttura dimerica, un ruolo chiave. Per verificare che questa caratteristica sia conservata anche nel lievito, abbiamo isolato dimeri attivi di F-ATP sintasi attraverso una Blue-Native PAGE e li abbiamo utlizzati in esperimenti di elettrofisiologia (planar lipid bilayer). I nostri dati dimostrano che i dimeri di F-ATP sintasi di lievito formano un canale attivato dal Ca2+ e da ossidanti, con un tipico comportamento di “flickering”, molto simile a quello osservato nel poro di mammifero, anche se con un valore di conduttanza minore, di circa 250-300 -pS. Inoltre, l’attività del canale è inibita da ADP e Mg2+, come riscontrato anche nel mammifero. Questi dati evidenziano che le proprietà di formazione del PTP si sono conservate durante l’evoluzione. Per confermare ulteriormente questo ruolo dei dimeri, abbiamo analizzato mutanti deleti per due piccole subunità accessorie (e o TIM11, g o ATP20) coinvolte della dimerizzazione dell’enzima. I singoli mutanti come anche il doppio deleto, mostrano chiari difetti nella formazione di dimeri nella BN-PAGE e un incremento sensibile della CRC rispetto al controllo. Comunque, dopo trattamento con CuCl2, che produce ponti disolfuro tra tioli vicini, è possibile rintracciare, nei mutanti, la formazione di dimeri, motivo per cui l’apertura del PTP non è completamente prevenuta. Da esperimenti preliminari di elettrofisiologia condotti con questi dimeri cross-linkati, appare evidente che la conduttanza del canale diminuisce drasticamente (circa 30 -pS) rispetto a quella misurata nel wild-type, supportando l’ipotesi che le subunità e, g possano essere proteine chiave nella formazione del PTP. Per identificare il residuo target del CuCl2, che potrebbe avere un ruolo rilevante nella stabilizzazione del dimero nonché del canale, abbiamo condotto degli esperimenti di mutagenesi delle cisteine presenti nelle subunità dell’enzima in un background genetico di doppia delezione per e,g. Dall’analisi in gel nativo, abbiamo scoperto che il mutante per la cisteina 23 della subunità a (ATP6) non forma dimeri dopo trattamento con CuCl2, indicando che il residuo in questione è effettivamente il target di questa ossidazione e che probabilmente media ponti disolfuro tra monomeri adiacenti, stabilizzando l’enzima. Un’altro importante risultato ottenuto dallo screening riguarda la cisteina di OSCP, una subunità del gambo laterale dell’F-ATP sintasi, che appare mediare l’effetto inducente della diamide sul poro. Infatti, i mutanti mancanti la cisteina 23 sono meno sensibili alla diamide, almeno a basse concentrazioni.
In conclusione, questi risultati rappresentano la prima dimostrazione che i dimeri di F-ATP sintasi di lievito formano un canale ad alta conduttanza analogo al PTP di mammifero e che quindi la formazione del canale è una proprietà conservata delle F-ATP sintasi. Cercheremo quindi di sbrogliare i tanti punti oscuri riguardo la struttura a la regolazione del PTP, sfruttando i potenti metodi di genetica disponibili nel lievito.

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Tipo di EPrint:Tesi di dottorato
Relatore:Bernardi, Paolo
Dottorato (corsi e scuole):Ciclo 28 > Scuole 28 > BIOSCIENZE E BIOTECNOLOGIE > BIOLOGIA CELLULARE
Data di deposito della tesi:01 Febbraio 2016
Anno di Pubblicazione:01 Febbraio 2016
Parole chiave (italiano / inglese):S. cerevisiae, Permeability Transition Pore, F-ATP synthase, mitochondria
Settori scientifico-disciplinari MIUR:Area 05 - Scienze biologiche > BIO/09 Fisiologia
Struttura di riferimento:Dipartimenti > Dipartimento di Scienze Biomediche
Codice ID:9568
Depositato il:10 Ott 2016 10:27
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