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Scalzotto, Elisa (2016) ASSOCIAZIONE TRA POLIMORFISMI GENETICI E RIGETTO
ACUTO NEL PAZIENTE TRAPIANTATO DI RENE.
[Tesi di dottorato]

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Documento PDF (Tesi di dottorato)
2213Kb

Abstract (inglese)

Following kidney transplantation one of the most frequent complication is acute rejection, defined by certain clinical characteristics and histological evidence of insufficient control of the immune response. Genetic variability offers a possible explanation for the inter-individual differences on the clinical course post-transplant. Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) located in genes involved in immune responses and in the pharmacokinetics/pharmacodynamics of immunosuppressive drugs are associated with allograft rejection. Therefore in this study key SNPs in specific target genes were analysed in kidney transplant recipients:
• 3 SNPs related to drug transporter ABCB1/MDR-1 (or permeability glycoprotein), that influences the pharmacokinetics of the immunosuppressant calcineurin inhibitors, like Tacrolimus
• 10 SNPs connected to Inosine MonoPhosphate DeHydrogenase (IMPDH2), direct target of the immunosuppressive mycophenolic acid (MPA)
• 4 SNPs in the MPA metabolizing Uridine Diphosphate Glucuronosyltransferase 1A9 (UGT1A9) enzyme
• 1 SNP in the proinflammatory cytokine Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-alpha) and
• 1 SNP in the anti-inflammatory cytokine Interleukin-10 (IL-10) gene.

Our aim is to determine the SNPs profiles of five important genes associated with the acute rejection event in kidney transplant patients.

The study protocol is the following: recruitment in study groups, blood sample and clinical data collection, molecular analysis of 19 SNPs, statistical analysis.

Currently, a total number of 220 individuals are included in our study: 41 transplant patients with acute rejection in the Case, 109 transplant patients without acute rejection in the Control I and 70 healthy blood donors in the Control II group. Analyzing the clinical characteristics there are statistically significant differences regarding the gender (p = 0.0028) and the age (p = 0.0123) distribution between the three experimental groups. Individuals in the Control II group were little younger than in the two other groups (Case: 50 (42-62) vs Control I: 55 (48-62) vs Control II: 49 (41-54). In our study more male (103) patients needed transplantation than female (47) patients. Moreover this gender difference is also noted when acute rejection happens (36 male vs 5 female cases).
The observed allele frequencies are in line with ones reported from Europe indicating that the studied population in the Control II group is representative.
Our results show that all SNPs for IMPDH2, with the exception of rs11706052, are not polymorphic. Other groups have published similar results hypothesizing that those SNPs found in public, online databases (Ensembl) are artefacts of previous, not so accurate sequencing techniques.
All polymorphisms are in Hardy-Weinberg equilibrium, except the rs1045642 of ABCB1 in the Case group.
Analysis of allele and genotype frequencies and trend test were performed between Case vs Control I; Transplant group (Case+Control I) vs Control II; Case vs Control II. Comparing the group of all transplant patients and healthy individuals, our result is suggesting that a G/G genotype of rs1800872 belonging to IL10 gene more probably leads to chronic kidney disease (CKD), as it has been shown in previous works.
Patients holding a C allele in rs1045642 or an A in rs2032582, both SNPs of ABCB1, are more prone to develop an adverse event after transplantation. Since ABCB1 is a drug efflux pump, SNPs modifying the effectiveness of the pump may compromise the success of the immunosuppressive therapy or lead to cytotoxicity.

Thus, screening for ABCB1 polymorphisms rs1045642 and rs2032582 before transplantation would help clinicians to better personalize therapy.

However, all calculations need to be repeated after reaching the adequate number of patients estimated with the sample size test (69 patients/group) to correctly verify our results. The molecular analysis of the missing samples is in progress thanks for a collaboration with the Department of Nephrology in Udine.

Abstract (italiano)

Il trapianto di rene rappresenta il trattamento di elezione per i pazienti affetti da insufficienza renale terminale ESRD, GFR < 15 ml/min/1,73 m2). In un certo numero di casi il decorso può essere complicato da processi patologici che possono comportare la compromissione fino alla perdita del rene. Una delle complicanze post-trapianto è rappresentata dal rigetto, l’espressione clinica e/o istologica di un insufficiente controllo della risposta immune. Il rigetto acuto “classico” è di tipo interstiziale cellulo-mediato, ma può riconoscere anche una componente umorale. Per prevenire e trattare il rigetto è sempre necessario ricorrere alla terapia immunosoppressiva, riducendo al minimo la tossicità del farmaco e il rischio di sviluppare infezioni e neoplasie. Negli ultimi anni si è delineato sempre di più il concetto di “variabilità inter-individuale” nella risposta ai farmaci, dipendente da numerosi geni. Evidenze scientifiche riportano che alcuni polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) localizzati in geni coinvolti nella risposta immunitaria e nella farmacocinetica/farmacodinamica dei farmaci immunosoppressivi sono associati con il rigetto da allotrapianto nei pazienti trapiantati di rene. Sulla base della variabilità inter-individuale alla risposta a farmaci, sono stati scelti 5 geni: 2 noti per essere target della risposta immunitaria, IL-10 e TNF-α, e 3 geni target della terapia immunosoppressiva, ABCB1/MDR1, UGT1A9 e IMPDH2.
Lo scopo di questo progetto è stato quello di determinare le possibili associazioni genetiche tra le 19 varianti polimorfiche (SNP) individuate nei geni e l’evento di rigetto acuto nei pazienti trapiantati renali.
Il protocollo di studio si è articolato in 5 fasi: arruolamento dei gruppi di studio (CASI: pazienti trapiantati con evento di rigetto acuto, CONTROLLO I: pazienti trapiantati senza alcun evento di rigetto acuto, CONTROLLO II: soggetti sani donatori di sangue), racconta dei campioni di sangue, analisi molecolare degli SNPs di interesse e analisi statistica.
Sono stati arruolati 220 individui: 41 casi con età mediana di 50 anni (IQR: 42-62 anni); 109 pazienti trapiantati (gruppo Controllo I) con età mediana di 55 anni (IQR: 48-62 anni) e 70 soggetti sani (gruppo Controllo II) con età mediana di 49 anni (IQR: 41-54 anni). Confrontando le variabili sesso ed età al prelievo abbiamo trovato una differenza statisticamente significativa nei tre gruppi (p=0,0028 e p=0,0123, rispettivamente). Le frequenze alleliche osservate sono distribuite in modo omogeneo all’interno dei gruppi studiati e sovrapponibili a quelle riportate per la popolazione europea e mondiale (Ensembl), indicando che la popolazione di controlli sani è rappresentativa. Per tutti gli SNPs appartenenti al gene IMPDH2, ad eccezione dell’rs11706052, vi è la presenza di un locus monoallelico. Questo è confermato dai dati aggiornati recentemente e presenti nel database mondiale (Ensembl) e da alcuni studi suggerendo la presenza di artefatti dovuti al sequenziamento effettuato con metodi meno sofisticati. Tutti i polimorfismi risultano in equilibrio di Hardy-Weinberg ad eccezione dello SNP rs1045642 appartenente al gene ABCB1/MDR1. È stata effettuata l’analisi per-allele, per-genotype e linear trend per tutti i polimorfismi nei tre gruppi studiati: confrontato il gruppo di tutti i pazienti trapiantati (Casi + Controllo I) con gli individui sani è emerso che i pazienti con il genotipo G/G relativo allo SNP rs1800872 del gene IL10 potrebbero, con maggiore probabilità, andare incontro a malattia renale cronica (CKD).
I pazienti che presentano l’allele C nello SNP rs1045642 e l’allele A nello SNP rs2032582, entrambi appartenenti al gene ABCB1/MDR1, hanno una maggiore suscettibilità a sviluppare eventi avversi in seguito al trapianto. Dal momento che questo gene codifica per una pompa di efflusso transmembrana, in grado di estromettere numerosi composti xenobiotici, compresi i farmaci immunosoppressivi, è facile pensare che le varianti polimorfiche possano modificare l’efficacia della pompa alterando dunque il successo della terapia farmacologica. Di conseguenza, lo screening di questi SNPs prima del trapianto potrebbe aiutare il clinico a sviluppare una terapia immunosoppressiva personalizzata.
Solo l’aumento della numerosità campionaria, così da raggiungere il numero di individui previsto dal sample size test (69 per gruppo), permetterà di verificare questi risultati e avvalorare questa ipotesi.

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Tipo di EPrint:Tesi di dottorato
Relatore:Conconi, Maria Teresa
Dottorato (corsi e scuole):Ciclo 29 > Corsi 29 > BIOMEDICINA
Data di deposito della tesi:24 Gennaio 2017
Anno di Pubblicazione:16 Novembre 2016
Parole chiave (italiano / inglese):rigetto, malattia renale cronica, trapianto renale, reject, chronic kidney disease, kidney transplantation
Settori scientifico-disciplinari MIUR:Area 06 - Scienze mediche > MED/03 Genetica medica
Struttura di riferimento:Dipartimenti > Dipartimento di Medicina Molecolare
Codice ID:9910
Depositato il:24 Nov 2017 10:39
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